معلومة

هيكل تسلسل الأجسام المضادة

هيكل تسلسل الأجسام المضادة


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

ويقال أن

  1. "عندما يدخل فيروس أو ممرض إلى الجسم ، تنتج الاستجابة المناعية بروتينات على شكل Y تسمى الأجسام المضادة لترتبط بمسببات الأمراض أو الفيروس".
  2. كما يمكن استخلاص الأجسام المضادة من الدم.
  3. بما أن الأجسام المضادة هي بروتينات ، فهل من الممكن ترتيب تسلسل بنيتها؟
  4. إذا كانت الإجابة على النقطة 3 هي نعم ، فلا يمكن إذن إجراء تسلسل للأجسام المضادة لفيروس كورونا ، ويتم إنتاج المزيد من الأجسام المضادة من هذا التسلسل على نطاق واسع ، ومن ثم يتم إعطاؤها للمصابين؟

أود أن أعرف أي تحديات للآلية المذكورة أعلاه مثل "صعوبة في معرفة الجسم المضاد الصحيح أو نحو ذلك"؟ شكرا!


من الصعب إعطاء إجابة بسيطة لأن مجال المناعة الخلطية واسع جدًا. هنا ملف مختصر نظرة عامة.

ينتج جسمنا عددًا لا يحصى من الأجسام المضادة المختلفة أثناء الاستجابة المناعية ، وليس أجسامًا مضادة واحدة فقط. من غير العملي عزل وتسلسل بروتين واحد من الجسم المضاد لأن تسلسلها يختلف بطرق دقيقة للغاية. تسلسل N-terminal مثل تدهور Edman ليس عمليًا لأنه لا يغطي سوى بضع عشرات من المخلفات على الأكثر. ربما يكون الهضم التحلل للبروتين للجسم المضاد وتسلسل الببتيد ممكنًا ، لكن هذا يتطلب مرة أخرى كمية كبيرة من الجسم المضاد النقي. تسلسل البروتين غير عملي.
بدلاً من ذلك ، يقوم الناس بتسلسل الحمض النووي المقابل لجسم مضاد معين بدلاً من تسلسل بروتين الجسم المضاد نفسه. نظرًا لأن خلية B معينة تعبر عن جسم مضاد واحد بكميات كبيرة ، ابتكر Milstein و Kohler (الحائزان على جائزة نوبل) تقنية لدمج الخلايا البائية مع الخلايا السرطانية ، مما يؤدي إلى تكوين أورام هجينة. وهكذا ينتج كل ورم هجين جسمًا مضادًا واحدًا. يمكن زراعة هذه الأورام الهجينة - في الواقع أحادي النوع - في المختبر بكميات كبيرة ، مما يؤدي إلى إنتاج جسم مضاد فردي موحد يسمى الجسم المضاد أحادي النسيلة. يمكن تسلسل تسلسل DNA المقابل لهذا الجسم المضاد أحادي النسيلة بسهولة.
أعتقد أنه من الممكن إنشاء مكتبة للزراعة الأحادية للورم الهجين الفردي باستخدام الخلايا البائية للمريض ، ثم اختيار الورم الهجين الذي ينتج أفضل جسم مضاد أحادي النسيلة من المكتبة ، وتسلسل الحمض النووي. يعد Epitope binning [https://en.wikipedia.org/wiki/Epitope_binning] أحد الأمثلة على تقنية لتحديد أفضل جسم مضاد. قد يكون الورم الهجين الناجح بعد ذلك ثقافة على نطاق واسع لإنتاج الكثير من ذلك الجسم المضاد الدقيق.
إن إعطاء مثل هذه الأجسام المضادة النقية للمريض ليس بهذه السهولة أجنبي سيتم التعرف على البروتين نفسه من قبل الجهاز المناعي للمريض وتطهيره. هناك تقنيات لتقليل الاستمناع لجسم مضاد معين ، ولكن هذا سيكون مناقشة مطولة في حد ذاته.


  1. من الممكن ترتيب هذه الأجسام المضادة.
  2. من المحتمل أن تكون هذه الأجسام المضادة قد تم إنتاجها بالفعل ، لكن حقن الأجسام المضادة في الأشخاص لا يبني المناعة. في أفضل الأحوال ، يمكن أن يخفف مؤقتًا من انتشار الفيروس. إنه لا يبني المناعة لأنه لن يعلم جسمك أن يصنع أجسامًا مضادة خاصة به ، وهذا هو الغرض من اللقاح.

هيكل تسلسل الأجسام المضادة - علم الأحياء

نحن نقدم عددًا كبيرًا من الأدوات لمعلوماتية الأجسام المضادة:

  • AbDb - الهياكل المرقمة مسبقًا من PDB
  • SACS - ملخص الهياكل البلورية للأجسام المضادة
  • EMBLIg - تسلسلات الجسم المضاد من EMBL-ENA
  • تسلسلات Kabat - FASTA المنسقة من Kabat (2000)
  • AbPDBSeq - تسلسلات الجسم المضاد المنسقة FASTA من PDB

يتم تضمين ما يلي في abYsis ، ولكنه متاح أيضًا كأدوات قائمة بذاتها:

استعلم KabatMan عن بيانات تسلسل Kabat AbCheck اختبر تسلسلًا مقابل بيانات Kabat للمخلفات غير العادية Chothia canonicals حدد الفئات الأساسية لـ CDRs من التسلسل الخاص بك. الترقيم إلى التسلسلات أو الهياكل

معلومة

صفحاتنا الخاصة بمعلومات عن الأجسام المضادة:

  • نظام ترقيم الكابات
  • نظام ترقيم Chothia
  • نظام ترقيم مارتن (كوثيا المحسن)
  • جدول تعريفات مجلس الإنماء والإعمار
  • كيفية التعرف على سجلات تفاصيل المكالمات من خلال النظر في تسلسل
  • جدول متوسط ​​بيانات الاتصال
  • مزيد من المعلومات حول الترقيم
  • براءات اختراع أنسنة الأجسام المضادة

معلومات وروابط لمرافقة فصل كتابي عن تسلسل البروتين وتحليل هيكل المجالات المتغيرة للجسم المضاد. في: دليل معمل هندسة الأجسام المضادة (محرر: ديوبيل ، إس ، وكونترمان ، آر ، سبرينجر-فيرلاغ ، هايدلبرج). [معلومات] [شراء]

كتاب كابات الشهير متاح الآن على الإنترنت كنسخة ممسوحة ضوئيًا عبر كتب Google: Elvin A. Kabat، Tai Te Wu، Carl Foeller، Harold M. Perry، Kay S. Gottesman (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest

AbYsis

تدمج قاعدة بيانات abYsis بيانات التسلسل من Kabat و IMGT و wwPDB مع البيانات الهيكلية من wwPDB وتسمح لك بتحليل التسلسلات الخاصة بك بنفس الطريقة.

ابيمود

abYmod هو برنامج جديد لنمذجة الجسم المضاد يستخدم بشكل مكثف تعريفاتنا الموسعة للفئات الأساسية ويجمع هذا مع التنبؤ بتعبئة VH / VL وقاعدة بيانات حلقة ممتدة لنمذجة CDR-H3.

AbYbank

abYbank عبارة عن مجموعة من بيانات التسلسل والهيكل المتعلقة بالأجسام المضادة.


مقدمة موجزة عن بنية الجسم المضاد

تتمثل العقيدة المركزية للبيولوجيا الجزيئية في أن رموز الحمض النووي لتسلسل الأحماض الأمينية في سلسلة البروتين. يحتوي هذا التسلسل الدقيق للأحماض الأمينية على المعلومات اللازمة لكي ينثني البروتين في هيكله المعقد ثلاثي الأبعاد والذي بدوره يحدد وظيفة البروتين. الغرض من الأجسام المضادة هو تخليص الكائن الحي من الجزيئات أو الخلايا غير الذاتية (المستضدات) وهي تقوم بذلك عن طريق التعرف على الواسمات والارتباط بها وتنفيذ وظائف المستجيب التي تنشط الجهاز المناعي للكائن الحي بطرق مختلفة. تنعكس وظائف الأجسام المضادة هذه في بنيتها.

يتكون الهيكل الأساسي لجميع جزيئات الأجسام المضادة أو الغلوبولين المناعي (Ig) من 4 سلاسل بروتينية على شكل حرف كبير "Y" ومرتبطة بروابط ثاني كبريتيد. يوجد زوجان من السلاسل في الجزيء: ثقيل وخفيف. هناك فئتان (أنواع متساوية) من السلسلة الخفيفة تسمى كابا ولامدا. تحتوي السلاسل الثقيلة على خمسة أنماط نظيرية مختلفة تقسم Igs إلى خمس فئات مختلفة ، لكل منها وظائف مستجيب مختلفة (في البشر IgG1-4 ، IgA1-2 ، IgD ، IgM ، IgE). يمكن أن تتحد كل فئة من السلاسل الثقيلة مع أي من السلاسل الخفيفة ، باستثناء الجمل (الجمال واللاما) التي تفتقر أجسامها المضادة أحيانًا إلى السلاسل الخفيفة.

فئة الغلوبولين المناعي الأكثر شيوعًا هي IgG. يظهر هيكلها المونومر الأساسي في الشكل 1. تنقسم كل سلسلة إلى مناطق أو مجالات تتكون من حوالي 110 من بقايا الأحماض الأمينية. تحتوي السلسلة الخفيفة على مجالين بينما تحتوي السلسلة الثقيلة على أربعة مجالات. من المعروف أن المجال الطرفي N عند طرف ذراعي "Y" على كل من السلسلة الثقيلة والخفيفة متغير في تكوين تسلسل الأحماض الأمينية وبالتالي يطلق عليه المجالات المتغيرة (VL و VH). تسمى المجالات الأخرى ثابتة لسبب مشابه (CL ، CH1 ، CH2 ، CH3).

تظهر المجالات المتغيرة ثلاث مناطق من فرط التغير في تسلسل تسمى مناطق تحديد التكامل (CDRs). وهي تختلف في الطول والتسلسل بين الأجسام المضادة المختلفة وهي مسؤولة بشكل أساسي عن خصوصية (التعرف) وتقارب (ارتباط) الأجسام المضادة بالواسمات المستهدفة. يؤدي الهضم المحلّل للبروتين للأجسام المضادة إلى إطلاق شظايا مختلفة تسمى Fv (متغير جزء) ، و Fab (ربط مستضد جزئي) و Fc (تبلور جزئي) (موضحة في الشكل 1). لاحظ أن هندسة الأجسام المضادة يمكن أن تنضم إلى الأجزاء المنفصلة من السلاسل الثقيلة والخفيفة في Fv باستخدام رابط ببتيد مرن لتكوين سلسلة واحدة Fv (scFv).

يتم طي سلسلة البروتين الخطي في كل مجال إلى بنية مميزة ثلاثية الأبعاد تسمى طية الغلوبولين المناعي. وتتكون من لوحين ، مكونتين من سلسلة البروتين ، معبأتين ضد بعضهما البعض. في المجالات الثابتة ، تتكون كل ورقة من ثلاثة وأربعة خيوط على التوالي. في الشكل 2 ، يتم تلوين هاتين الصفحتين باللونين الأحمر والأخضر بينما يتم تلوين بقية سلسلة البروتين باللون الأزرق. يتم تثبيت الصفيحتين على بعضهما البعض بواسطة رابطة ثاني كبريتيد موضحة باللون الأصفر. المجالات الثابتة لجزء Fc هي المسؤولة عن التوسط في وظائف المستجيب للجسم المضاد.

المجال المتغير له هيكل مماثل ، باستثناء أن هناك تسعة فروع أربعة وخمسة في كل ورقة على التوالي. توفر هذه إطارًا يدعم حلقات CDR الثلاث. يوضح الشكل 3 مجالًا متغيرًا. ورقة واحدة باللون الأزرق والأخرى خضراء. يظهر اثنان من سجلات تفاصيل المكالمات الهاتفية باللون الأحمر. CDR الثالث ، والذي يحتوي أيضًا على الخيط الرابع من الورقة الخضراء ، ويظهر الشريط الخامس من الورقة الزرقاء باللون الأصفر. المجالات المتغيرة ، أحدهما من السلسلة الثقيلة والآخر من السلسلة الخفيفة ، يشكلان موقعي ربط مولد الضد ، أحدهما عند طرف كل ذراع من "Y" (الشكل 4). في هذه الحالة ، تُظهر الصورة جزء Fab ، مع السلسلة الخفيفة (الزرقاء) التي تتكون من مجالين (VL و CL) والسلسلة الثقيلة (الخضراء) تتكون أيضًا من مجالين (VH و CH1). تظهر سجلات CDR على أطراف المجالات المتغيرة باللون الأحمر ويظهر المستضد (في هذه الحالة الليزوزيم) باللون الأصفر. تتكون أنسنة الجسم المضاد من تطعيم CDRs الحمراء من الأجسام المضادة xenogeneic في الأجسام المضادة البشرية باستخدام تقنيات الهندسة الوراثية (انظر دورة التصميم).


فئات فرعية من الغلوبولين المناعي

بالإضافة إلى فئات الغلوبولين المناعي الرئيسية ، توجد عدة فئات فرعية من Ig في جميع أعضاء نوع حيواني معين. يتم تصنيف الأجسام المضادة إلى فئات فرعية بناءً على الاختلافات الطفيفة في نوع السلسلة الثقيلة لكل فئة Ig. يوجد في البشر أربع فئات فرعية من IgG: IgG1 و IgG2 و IgG3 و IgG4 (مرقمة بترتيب تناقص التركيز في المصل).

التباين بين الفئات الفرعية المختلفة أقل من التباين بين الفئات المختلفة. على سبيل المثال ، يرتبط IgG1 ارتباطًا وثيقًا بـ IgG2 و IgG3 و IgG4 أكثر من ارتباطه بـ IgA أو IgM أو IgD أو IgE. وبالتالي ، فإن البروتينات المرتبطة بالأجسام المضادة (على سبيل المثال ، البروتين A أو البروتين G) ومعظم الأجسام المضادة الثانوية المستخدمة في طرق الكشف المناعي تتفاعل مع فئات فرعية متعددة ولكن ليس عادةً فئات متعددة من Ig.

يتعلم أكثر

حدد المنتجات


الملخص

abYsis هو نظام بحث عن الأجسام المضادة على شبكة الإنترنت يتضمن قاعدة بيانات متكاملة لتسلسل الأجسام المضادة وبيانات الهيكل. يمكن استجواب النظام بعدة طرق - من عمليات البحث البسيطة عن النص والتسلسل إلى الاستعلامات المعقدة التي تطبق قيود هيكلية ثلاثية الأبعاد. تتضمن النسخة المتاحة للجمهور بيانات التسلسل التي تم تحليلها مسبقًا من أرشيف النيوكليوتيدات الأوروبي لمختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي (EMBL-ENA) وكابات بالإضافة إلى بيانات الهيكل من بنك بيانات البروتين. يمكن أيضًا تحليل تسلسل الباحث من خلال واجهة الويب.

السمة المميزة لـ abYsis هي أن التسلسلات يتم ترقيمها تلقائيًا بسلسلة من المخططات الشائعة مثل Kabat و Chothia ثم يتم شرحها بمعلومات أساسية مثل مناطق تحديد التكامل والتعديلات اللاحقة للترجمة. جانب فريد من سمات abYsis هو مجموعة من جداول تكرار المخلفات لكل موضع في الجسم المضاد ، مما يسمح بإبراز "البقايا غير المعتادة" (تلك التي نادرًا ما تُرى في موضع معين) واتخاذ القرارات بشأن الطفرات التي قد تكون مقبولة. هذا مفيد بشكل خاص عند مقارنة الأجسام المضادة من الأنواع المختلفة.

abYsis مفيد لأي باحث متخصص في هندسة الأجسام المضادة ، وخاصة أولئك الذين يطورون الأجسام المضادة كأدوية.


الحكم الصادر في 30 أكتوبر 2019 ، المحكمة العليا للملكية الفكرية

أمرت محكمة منطقة طوكيو (القاضي رئيس شيباتا) بإصدار أمر قضائي ضد شركة سانوفي بشأن تصنيع وبيع واستيراد وعرض بيع برالوينت وأليروكوماب والتخلص من برالوينت ، مشيرة إلى أن برالوينت وأليروكوماب يقعان ضمن النطاقات الفنية للاختراعات 1 و 2 (الاختراعات ذات الصلة الموصوفة في المطالبات 1 من JP5705288 و JP5906333) والاختراعات المصححة 1 و 2 (الاختراعات ذات الصلة الموضحة في المطالبات المصححة 1 من JP5705288 و JP5906333) ، وليس لأي من أسباب الإبطال التي ذكرتها Sanofi أي مادة. استأنفت Sanofi أمام محكمة IP العليا ، حيث رفضت المحكمة (القاضي الرئيسي تاكابي) استئناف Sanofi ، مشيرة إلى ما يلي. تم حذف عقد بشأن الخطوة الابتكارية.

(1) ما إذا كان يقع ضمن النطاق التقني للاختراع

تدعي Sanofi أن كل من الاختراعات عبارة عن مطالبة وظيفية تحدد الاختراع فقط من خلال وظيفة للتنافس مع الجسم المضاد المرجعي 1 أو 2 (الجسم المضاد المحدد في عناصر الحماية 1 من JP5705288 و JP5906333) ، وعندما يتعلق الأمر بادعاء وظيفي ، فإن يجب تحديد نطاق الاختراع على أساس الفكرة التقنية الموضحة في التكوينات المحددة التي كشف عنها المودع في المواصفات ، مع مراعاة المواصفات بالإضافة إلى عناصر الحماية. وبالتالي يجب تفسير المطالبة الوظيفية على أنها نطاق يمكن من خلاله لشخص ماهر في المجال أن يؤديه من المواصفات. علاوة على ذلك ، تدعي Sanofi أن النطاق الذي يمكن أن يؤديه شخص ماهر في المجال من المواصفات يقتصر على أجسام مضادة محددة موصوفة في أمثلة كل من المواصفات أو الأجسام المضادة التي لها تسلسل حمض أميني يكون فيه واحد أو أكثر من الأحماض الأمينية في يتم استبدال موضع معين في الجسم المضاد السابق. وبالتالي فإن النطاق التقني لكل من الاختراعات يقتصر على كل من الأجسام المضادة المذكورة أعلاه أو متواليات الأحماض الأمينية التي يتم فيها استبدال واحد أو أكثر من الأحماض الأمينية في موضع معين في الجسم المضاد. نظرًا لأن Praluent و Alirocumab لهما تسلسل مختلف من الأحماض الأمينية عنهما على التوالي ، فإنهما لا يقعان ضمن النطاق التقني لكل من الاختراعات.

وبغض النظر عن مسألة ما إذا كان ينبغي تسمية كل اختراع بما يسمى "المطالبة الوظيفية" ، يجب تحديد النطاق التقني لاختراع البراءة على أساس عناصر الحماية ، وينبغي تفسيره على أساس فكرة فنية تم الإفصاح عنها بمراعاة المواصفات والرسومات. يجب اعتبار ادعاء سانوفي مشكلة تتعلق بمتطلبات الدعم أو التمكين. علاوة على ذلك ، لا يمكن القول إن هناك وصفًا في كل من المواصفات يشير إلى أن كل اختراع محدد فقط من خلال وظيفة للتنافس مع الجسم المضاد المرجعي 1 أو 2. فرضية ذلك غير مقبولة. علاوة على ذلك ، لم يتم تحديد كل من الاختراعات بواسطة تسلسل الأحماض الأمينية. وبالتالي لا يوجد سبب لتفسيرها على أنها تقتصر على أجسام مضادة محددة موصوفة في كل من المواصفات أو الأجسام المضادة التي لها تسلسل حمض أميني حيث يتم استبدال واحد أو أكثر من الأحماض الأمينية في موضع معين في الأجسام المضادة السابقة.

(2) متطلبات الدعم

يمكن لأي شخص ماهر في المجال عادةً الحصول على جسم مضاد وحيد النسيلة معزول يعمل على تحييد ارتباط بروتين PCSK9 و LDLR ويتنافس مع الجسم المضاد المرجعي 1 أو 2 على أساس كل من المواصفات. وهكذا ، يتم توفير أجسام مضادة جديدة للأجسام المضادة وحيدة النسيلة من الاختراعات 1-1 و2-1. علاوة على ذلك ، يمكن للمرء أن يدرك حقيقة أن التركيب الصيدلاني للاختراعات 1-2 و2-2 (الاختراعات الموصوفة في المطالبة 9 من JP5705288 وفي المطالبة 5 من JP5906333) باستخدام الأجسام المضادة وحيدة النسيلة أعلاه قد تعالج أو تمنع أو تقلل من مخاطر الأمراض المصاحبة لارتفاع مستوى الكوليسترول مثل فرط كوليسترول الدم. لذلك ، يتوافق كل اختراع مع متطلبات الدعم.

تدعي Sanofi أن كل اختراع هو اختراع لجسم مضاد محدد فقط بواسطة متطلب متغير "التنافس مع الجسم المضاد المرجعي" ومشكلة يجب حلها من خلال الاختراع (التأثير المرغوب) "قادرة على تحييد الارتباط" والتركيب الصيدلاني باستخدام نفس الشيء ، حيث لا يمكن حل المشكلة عن طريق المنافسة فقط ، وبالتالي لا تتوافق الاختراعات مع متطلبات الدعم. ومع ذلك ، فمن المعروف أن تسلسل الحمض الأميني يتم تحديده في عملية تحديد جسم مضاد له خصائص ارتباط محددة. لذلك ، ليس من الضروري تحديد بنية الجسم المضاد (تسلسل الأحماض الأمينية) مسبقًا للحصول على جسم مضاد له خصائص ارتباط محددة. وبالتالي ، فإن ادعاء سانوفي غير مقبول.

(3) شرط التمكين

يمكن أن نرى من كل المواصفات أن الجسم المضاد للاختراعات 1-1 و2-1 والتركيبة الصيدلانية للاختراعات 1-2 و2-2 يمكن إنتاجها واستخدامها ، وبالتالي يمكن رؤيتها من كل من المواصفات التي يمكن لأي شخص ماهر في المجال عادةً أن يصفها بشكل قاطع وكافٍ لكل من الاختراعات إلى الحد الذي يسمح لشخص ماهر في المجال عادةً بتنفيذ كل من الاختراعات. لذلك ، يتوافق كل اختراع مع متطلبات التمكين.

تزعم Sanofi أن كل اختراع لا يحدد بنية الجسم المضاد ، ولكنه يحددها وظيفيًا فقط ، ويتضمن نطاقًا واسعًا للغاية من الأجسام المضادة ، في حين أن الأمر يتطلب وقتًا وجهدًا هائلين بالإضافة إلى الكثير من التجربة والخطأ لشخص ماهر في العادة في الفن للحصول على جسم مضاد مشمول في النطاق الكامل لكل اختراع. هذه لا تحدد الهيكل ، وبالتالي يفشل كل من الاختراعات في تلبية متطلبات التمكين. ومع ذلك ، لا يمكن القول إن كل اختراع معرف وظيفيًا فقط. علاوة على ذلك ، إذا كانت المواصفة تحتوي على وصف يسمح للشخص الذي يتمتع بمهارات عادية في المجال بصنع جسم مضاد يجسد فكرة فنية عن جسم مضاد أحادي النسيلة يمكن أن يحيد ارتباط بروتين PCSK9 و LDLR ويتنافس مع الجسم المضاد المرجعي 1 أو 2 للربط مع PCSK9 ، يجب أن يقال أن الشخص الماهر في المجال عادة يمكنه تنفيذ الفكرة التقنية. ليس من الضروري وصف المدى الذي يمكن فيه الحصول على كل جسم مضاد له كل تسلسل من الأحماض الأمينية والذي يمكن أن يقع ضمن النطاق التقني للاختراع البراءة. وبالتالي ، فإن ادعاء سانوفي غير مقبول.

(4) إساءة استخدام الحقوق

تقدم Sanofi رأي الخبير الذي أعدته B (D33) ، مدعياً ​​أن مطالبة Amgen بأمر قضائي يتوافق مع انتهاك للحقوق وبالتالي غير مسموح به نظرًا لأن الأمر القضائي بتصنيع وبيع Praluent و Alirocumab ، وما إلى ذلك ، يتسبب في معالجة المرضى حاليًا أو يجب أن تدار Praluent لديها مخاطر صحية شديدة أو القلق بشأن العلاج في المستقبل. يشير D33 إلى مشكلة تقليل الخيارات للمرضى وتوقع أن المرضى الذين يستخدمون Praluent سيتم الخلط بينهم من خلال الأمر القضائي المتعلق ببيع Praluent وما إلى ذلك. ومع ذلك ، فإنه لا يذهب إلى حد الإشارة إلى وجود مخاطر صحية ملموسة للمرضى من استخدام المنتجات المصنعة والمباعة من قبل Amgen بدلاً من Praluent. وبالتالي ، لا يمكن القول أنه تم إثبات حقائق محددة لإثبات أن الأمر القضائي ضد استخدام Praluent يتعارض مع المصلحة العامة. علاوة على ذلك ، في مجال المنتجات الصيدلانية ، قد تكون هناك حالات يجب فيها تقييد الحق في طلب الإنذار القضائي من منظور المصلحة العامة. ومع ذلك ، لا يمكن استنتاج أنه لا ينبغي السماح بإصدار أمر قضائي ضد تصنيع وبيع وما إلى ذلك من المنتجات المخالفة ، دون إثبات حقائق ملموسة ، لسبب بسيط هو أنه من المرغوب فيه أن يكون لدى المرضى خيار قابل للاختيار. لذلك ، فإن ادعاء سانوفي غير مقبول.


الشكل التكميلي 1 التمثيل السطحي لمنطقة الرابط العلوي في بيمبروليزوماب.

يُظهر العرض السطحي لمنطقة الرابط العلوي في بيمبروليزوماب ، بما في ذلك الببتيد المفصلي (المخلفات Val218 – Pro225) والببتيدات القريبة Pro130 – Thr138 و Leu196 – Gly197 بوضوح التداخل الذي يحدث في هذه المنطقة. في هياكل IgG1 ، 1 هرتز (Saphire ، E.O. ، وآخرون.، علم. 293، 1155-1159، 2001) و 1IGY (Harris، L.J.، وآخرون. ، جيه مول. بيول. 275، 861-872، 1998) لا توجد اتصالات بين منطقتي الارتباط العلويين. يختلف المفصل المضغوط المرئي في الهيكل البلوري عن التشكل المفصلي الممتد المقترح لهيكل حل IgG4 البشري ، كلا النوعين البري و S228P متحولة (Rayner ، L.E. ، وآخرون. ، J بيول تشيم. 289، 20740-20756، 2014). تم حساب النماذج التي تم إنشاؤها في الورقة لتلائم بيانات BioSAXs من بنية IgG1 ، مما أدى إلى تقييد منطقة المفصلة الكاملة (Val218 – Pro238) بحيث يكون الحد الأدنى للطول بين 50 و 73.5 Å (أو ما بين 22 إلى 31.5 Å لـ Val218 –Cys226 peptide) ، القيم المشتقة من بنية 1HZH. من هيكل بيمبروليزوماب ، يبلغ طول الببتيد Val218 – Cys226 المرتب جيدًا حوالي 13 ، بينما المسافة بين Val218 و Pro238 هي 24 Å في سلسلة واحدة و 34 في السلسلة الأخرى ، وهي أقصر بكثير من القيم تستخدم لنمذجة بيانات bioSAXs.

الشكل التكميلي 2 توزيع زوايا phi و psi للببتيدات من النوع البري و S228P pembrolizumab linker Val218-Gly236.

اللوحة العلوية: مجموعات Phi / Psi (التردد مقابل الزاوية) المرسومة للمخلفات P227 و P (S) 228 من منطقة الرابط. مجموعات Phi / Psi المشتقة من آخر 36 نانوثانية لمحاكاة ثنائيات الببتيد الرابط (20 وحدة بنائية ، Val218-Gly236) ، مع إما Pro أو Ser في الموضع 228. الأجزاء المفقودة من الرابط (230 PAP 232 في السلسلة B و 230 تم بناء PAPEFL 235 في السلسلة G) وتقليله في سياق البروتين بأكمله باستخدام وظيفة ab initio loop builder الخاصة بـ MOE 2013.08. تم استخراج منطقة الرابط وتحضيرها باستخدام المعالج التحضيري في Maestro (Schrodinger) ولإنشاء رابط WT ، تم تغيير P228 مرة أخرى إلى S.

8000 جزيء ماء باستخدام تطبيق Schrodinger للديناميات الجزيئية لديزموند. بعد إجراء الموازنة المقيد القياسي (الإعدادات الافتراضية في Schrodinger 2014-4) ، تم أيضًا تجاهل أول 12 نانوثانية باعتبارها "موازنة" من كلا المحاكاة. اللوحة السفلية: توزيع مسافات S-S بين المخلفات C226 و C229 خلال عمليتي المحاكاة لببتيد S228P (يسار) و S228 (يمين). تمت محاكاة كل من الوصلات S228P و WT (S228) كسلاسل مفردة ، بنفس الطريقة تمامًا كما هو موضح أعلاه ، ولكن مع بروتونات ذرات Cysteine ​​S. يشير التوزيع المزدوج في الببتيد S228 إلى وجود ميل لـ Cys226 و Cys229 للاقتراب من بعضهما البعض مما يسهل تكوين رابطة ثنائي كبريتيد داخل السلسلة.

الشكل التكميلي 3 الحفظ الهيكلي بين مجالات Fc في بيمبروليزوماب.

أ) تراكب نطاقي CH2 الذي لوحظ في بيمبروليزوماب: البقايا 240-245 و 257-340 من CH2 التقليدي (سلسلة أ ، أثر أصفر) و CH2 المقلوب (سلسلة ب ، أثر سماوي) يتماشى مع RMSD على CA 0.76 Å (1.24 Å إذا حسبت لجميع الذرات). يتمثل الاختلاف الرئيسي في المخلفات الممتدة للحلقة من 246 إلى 256 والتي تفترض في CH2 المقلوب تشكلاً مختلفًا بسبب التلامس البلوري. محاذاة بقايا السكر أيضًا بشكل جيد: RMSD لبقايا اللب هو 0.1 Å. ب) تراكب الجليكان في السلسلة A (الكربون الأسود) ، إدخال PDB 4C54 (الكربون الأصفر ، RMSD مع السلسلة A هو 0.2 Ang) و 1 HZH (الكربون الأرجواني ، rmsd مع السلسلة A يساوي 0.4 Ang).

الشكل التكميلي 4 مجسات تمثيلية من قياسات SPR الحركية أحادية الدورة.

اللوحة اليسرى: المستشعرات التمثيلية لطريقة SPR الحركية أحادية الدورة المستخدمة لقياس تقارب (KD) لـ pembrolizumab (A) و IgG1 (B) إلى FcγRI اللوحة اليمنى: المستشعرات التمثيلية لطريقة التقارب المستقرة متعددة الدورات المستخدمة لقياس تقارب بيمبروليزوماب (C) و IgG1 (D) إلى FcγRIIA H131


الحواشي

↵ 1 M.J.F. و MAG و M.M. و J.H. المساهمة بشكل متساو في هذا العمل.

↵ 3 العنوان الحالي: مختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي ، وحدة هامبورغ ، EMBL c / o DESY ، 22607 هامبورغ ، ألمانيا.

↵ 4 العنوان الحالي: Eidgenössische Technische Hochschule Zürich، Department of Biosystems Science and Engineering، 4058 Basel، Switzerland.

↵ 5 العنوان الحالي: قسم الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية ، جامعة كاليفورنيا ، سان فرانسيسكو ، كاليفورنيا 94158.

مساهمات المؤلفين: M.J.F. و M. أجرى بحثًا MJF و MAG و MM و JH و J. Behnke و DA و EMH و JP و CDC و MF و LMH و MS و MG و J. Buchner وقاموا بتحليل البيانات MJF و MAG و MM و JH و J. Behnke و DA و EMH و JP و CDC و MF و LMH و MS و MG و J. Buchner كتبوا الورقة.

بيان تضارب المصالح: تم إيداع براءة اختراع للأجسام المضادة المحسنة بناءً على النتائج المقدمة في هذه الدراسة.


حول Thera-SAbDab

قاعدة بيانات الأجسام المضادة الإنشائية العلاجية (Thera-SAbDab) هي قاعدة بيانات لتسلسلات المجال المتغير للعلاج المناعي وممثليها الهيكليين المقابل في SAbDab (الذي يجمع البيانات من PDB). يقوم بتحديث التعيينات الهيكلية جنبًا إلى جنب مع SAbDab على أساس أسبوعي. لا يكتشف فقط تطابق التسلسل الدقيق مع الهياكل المعروفة ، بل يكتشف أيضًا التطابقات المتسلسلة القريبة (مقسمة إلى فئتين: 95-98٪ seqID ، أو 99٪ seqID).

نقوم بتحديث Thera-SAbDab كلما تم إصدار قائمة الأسماء الدولية غير المسجلة الملكية (INN) لمنظمة الصحة العالمية ، مع إضافة جميع العلاجات مع تسلسل مجال متغير مصاحب. نقوم أيضًا بتحديث حالة التجارب السريرية لجميع العلاجات المطورة بنشاط وفقًا لآخر التحديثات على AdisInsight. نستضيف هذه القائمة المحدثة من التسلسلات العلاجية مع البيانات الوصفية على صفحة بحث Thera-SAbDab.

تم بناء Thera-SAbDab من قبل مجموعة Oxford Protein Informatics (OPIG) بموجب اتفاقية الابتكار المفتوح.

إذا كنت تستخدم هذه الأداة ، فيرجى الاستشهاد بمقالنا: Raybould ، M.I.J. ، Marks ، C. et al. (2019) الدقة الأحماض النووية. افلام سكس

إذا كنت تعتقد أننا فقدنا علاجًا معترفًا به من قبل منظمة الصحة العالمية مع تسلسل عام ، يرجى الاتصال بنا على opig stats.ox.ac.uk

استعلامات المثال

السيناريو 1: أقوم بتطوير بديل حيوي لـ certolizumab ، وأريد معرفة ما إذا كانت هناك أي هياكل متاحة للجمهور للجسم المضاد الأصل.

-> البحث في Thera-SAbDab بواسطة INN: "certolizumab".

هذا يدل على وجود هيكل متطابق واحد على الأقل من certolizumab في PDB. يؤدي النقر فوق ارتباط Certolizumab إلى نقلك إلى صفحة الملخص.

يمنحك الجزء العلوي من صفحة الملخص تسلسل قاعدة البيانات الخاصة بنا لـ certolizumab جنبًا إلى جنب مع هياكلها. هناك نوعان من إدخالات PDB متطابقة التسلسل. واحد مع منطقة Fv واحدة ، واحدة مع ثلاث مناطق Fv. تنقلك الروابط أدناه إلى إدخال SAbDab لكل PDB. اتباع الرابط ل 5wux.

يمكننا أن نرى أن 5wux عبارة عن بنية ملزمة ثلاثية. أيضا في صفحة ملخص certolizumab.

. هي سلسلة من البيانات الوصفية لـ certolizumab. على سبيل المثال ، يمكنك معرفة الشروط التي تمت الموافقة عليها / نشطة لها حاليًا ، والتي تم إيقافها ضدها (وفقًا لـ AdisInsight).

السيناريو 2: بعد أن وجدت أن هناك بنية لـ Certolizumab (مثبط TNFalpha) ، فأنا مهتم بالخصائص الهيكلية العامة لعقاقير ربط TNFalpha.

-> البحث في Thera-SAbDab بالسمة: الهدف = "TNFA".

يكشف هذا عن ستة علاجات معترف بها من قبل منظمة الصحة العالمية مشتقة من الأجسام المضادة والأجسام النانوية مصممة للارتباط بـ TNFA ، أربعة منها أحادية النسيلة واثنتان من النوعين. تحتوي معظم العلاجات على هياكل بلورية متاحة للجمهور لمجالات ربط TNF المتغيرة الخاصة بها. اتبع روابط SAbDab في كل صفحة ملخص لفحص وتنزيل الهياكل المرقمة مسبقًا التي تهمك.

حقيقة أن أحد العلاجات يستهدف IL17A و TNFA يلفت انتباهك في وقت واحد وأنت تتابع لمعرفة ما إذا كنا نعرف أي هياكل لمجلدات IL17A باستخدام بحث سمة آخر.

اعتبارًا من أوائل يونيو ، لم يكن لدى أي من مجلدات IL17A التسعة المعترف بها من قبل منظمة الصحة العالمية أي هياكل بلورية متاحة للجمهور. ومع ذلك ، في 19 يونيو 2019 ، أصدر Eli Lilly هيكلًا لـ ixekizumab (6nov) ، وهيكل قريب لـ tibulizumab (6nou)!

السيناريو 3: تعتقد أنك وجدت جسمًا مضادًا جديدًا تمامًا مضادًا لـ TFNA وتريد التحقق لمعرفة مدى تشابهه مع العلاجات الأخرى المعروفة.

-> البحث في Thera-SAbDab عن طريق هوية تسلسل Fv:

مع الجدول التالي للنتائج.

هناك ما لا يقل عن عشرة علاجات ضمن هوية تسلسل 70٪ لاستعلامك عبر منطقة Fv بأكملها. لاحظت أن Golimumab ، وهو جسم مضاد آخر مرتبط بـ TNFA ، له هوية تسلسلية بنسبة 82 ٪ لإرسالك. تقوم بالتمرير لأسفل إلى قسم المحاذاة.

يبدو أن هناك العديد من الطفرات في السلسلة الخفيفة مقارنة بالسلسلة الثقيلة. أنت مهتم بدقة بمدى تشابه موقع ربط السلسلة الثقيلة مع Golimumab ، لذلك تقوم بإجراء بحث آخر عن التشابه عبر مخلفات CDR الثقيلة فقط.

Golimumab مرة أخرى ضمن العتبة المطلوبة ، مع المحاذاة التالية لمناطق CDR.

هناك عدد قليل بشكل مدهش من طفرات CDR ثقيلة السلسلة بعيدًا عن Golimumab (خاصة في منطقة CDRH3). أنت تتبع الرابط إلى صفحة ملخص Golimumab ، ومن هناك إلى بنية متطابقة متطابقة بنسبة 100٪ (5yoy). النظر في وضع الربط الخاص به.

. الارتباط بـ TNFA (الأخضر) يبدو أن السلسلة الثقيلة (الأصفر) تهيمن عليها. سيؤدي ذلك إلى ضغط اختيار أقل على السلسلة الخفيفة (برتقالية) ، بما يتجاوز التوافق مع السلسلة الثقيلة المرتبطة بـ TNFA. تستنتج أن وضع الارتباط لجسمك المضاد ربما يشترك في العديد من الخصائص مع علاج TNFA المعتمد حاليًا.

اتصل

لا تتردد في الاتصال بنا على opig stats.ox.ac.uk لأية مشكلات أو ملاحظات خاطئة أو استفسارات عامة حول Thera-SAbDab.

ورقة SAbDab: Dunbar، J.، Krawczyk، K. et al (2014). الدقة الأحماض النووية. 42. D1140-D1146 [رابط]


هيكل الجسم المضاد

بعبارات مبسطة ، تؤدي الأجسام المضادة وظيفتين رئيسيتين في مناطق مختلفة من بنيتها. بينما يتعرف جزء واحد من الجسم المضاد ، وهو جزء ربط مولد الضد (Fab) ، على مولد الضد ، يتفاعل الجزء الآخر من الجسم المضاد ، المعروف باسم الجزء القابل للبلور (Fc) ، مع عناصر أخرى من الجهاز المناعي ، مثل الخلايا البلعمة أو مكونات المسار التكميلي لتعزيز إزالة المستضد.

شكل. تمثيل تخطيطي لـ IgG.
يتكون الجسم المضاد من سلسلتين ثقيلتين (أزرق) وسلاسل خفيفة (خضراء) مطوية في مجالات ثابتة ومتغيرة. يُظهر توسيع المجال المتغير تمثيلًا شريطيًا لإطار عمل β-sheet وحلقات CDR.

تحتوي جميع الأجسام المضادة على نفس البنية الأساسية التي تتكون من سلسلتين ثقيلتين وسلسلتين خفيفتين تشكلان ذراعي فاب يحتويان على مجالات متطابقة في أي من الطرفين مرتبطة بمنطقة مفصلة مرنة بجذع الجسم المضاد ، مجال Fc ، مما يعطي الشكل الكلاسيكي "Y". يتم طي السلاسل إلى طيات غلوبولين مناعي متكررة تتكون من صفائح متوازية (1) ، والتي تشكل إما نطاقات ثابتة أو متغيرة. تتكون مجالات Fab من مجالين متغيرين واثنين من المجالات الثابتة ، مع المجالين المتغيرين اللذين يشكلان الجزء المتغير (Fv) ، والذي يوفر خصوصية مستضد الجسم المضاد (2) مع المجالات الثابتة التي تعمل كإطار هيكلي. يحتوي كل مجال متغير على ثلاث حلقات متغيرة للغاية ، تُعرف باسم مناطق تحديد التكامل (CDRs) ، موزعة بالتساوي بين أربع مناطق ذات إطار أقل تغيرًا (FR). It is the CDRs that provide a specific antigen recognition site on the surface of the antibody and the hypervariability of these regions enables antibodies to recognize an almost unlimited number of antigens (3).

شكل. Structural representations of an IgG.
The heavy chain is shown in blue, light chain in green and glycosylation in orange. On the left is a ribbon representation showing the secondary structure elements and on the right hand side is a space-filled model of the same molecule. PDB accession number of the mouse IgG1 is 1IGY.

Antibodies are glycosylated proteins, with the position and extent of glycosylation varying between isotypes. As displayed in the image above the Fc region of an IgG consists of two paired CH3 domains and, in contrast, two CH2 domains that are separated and do not interact but have two oligosaccharide chains interposed between them. These chains cover the hydrophobic faces that would normally lead to domain pairing. The N-glycans contain a common core region of two N-acetyl-glucosamine residues (GlcNAc) linked to an asparagine (N297 in human IgG1) via an amide bond and three mannose residues. This core structure may contain additional terminal sugars, such as mannose, GlcNac, galactose, fucose and sialic acid, generating a large amount of heterogeneity (4).


شاهد الفيديو: ما هو تركيب الجسم المضاد المناعي Antibody Structure (قد 2022).