معلومة

9.5: نماذج العتبة - علم الأحياء

9.5: نماذج العتبة - علم الأحياء


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

في الآونة الأخيرة ، قدم جو فيلسنشتاين (2005 ، 2012) نموذجًا من علم الوراثة الكمي ، نموذج العتبة ، إلى الأساليب المقارنة. تعمل نماذج العتبة عن طريق نمذجة شخصية منفصلة على أنها تحتها سمة أخرى مستمرة غير ملحوظة (تسمى المسؤولية). إذا تجاوزت المسؤولية قيمة حدية معينة ، فإن الحالة المنفصلة تتغير. وبشكل أكثر تحديدًا ، يمكننا اعتبار سمة واحدة ، ذ، مع حالتين ، 0 و 1 ، والتي بدورها يتم تحديدها بواسطة بعض المتغيرات الأساسية المستمرة ، xتسمى المسؤولية. لو x أكبر من العتبة ، ر، من ثم ذ هو 1 خلاف ذلك، ذ هو 0. يفترض Felsenstein (2005) ذلك x يتطور في ظل نموذج الحركة البراوني ، على الرغم من أن النماذج الأخرى مثل OU ، من حيث المبدأ ، ممكنة.

يمكننا إيجاد احتمالية هذا النموذج من خلال النظر في ملاحظات حالات الشخصية عند أطراف الشجرة. نلاحظ حالة كل نوع ، ذأنا. نحن لا نعرف قيم المسؤولية لهذه الأنواع. ومع ذلك ، فإننا نتعامل مع هذه الالتزامات على أنها غير ملحوظة ونأخذ في الاعتبار توزيعاتها. في ظل نموذج الحركة البراونية ، نعلم أن الالتزامات ستتبع توزيعًا طبيعيًا متعدد المتغيرات (انظر الفصل 3). يمكننا حساب احتمال مراقبة البيانات (ذأنا) من خلال إيجاد تكامل توزيعات الخصوم على جانب العتبة التي تتطابق مع البيانات. حتى إذا كان توزيع المسؤولية على الأنواع أنا يكون صأنا(x)، من ثم:

$$ p (y_i = 0) = { int limits _ {- infty} ^ {t} p_i (x) dx} label {9.1} $$

و

$$ p (y_i = 1) = { int limits_ {t} ^ { infty} p_i (x) dx} $$

(انظر الشكل 9.3 للحصول على رسم توضيحي لهذا الحساب ، وهو أسهل مما يبدو نظرًا لوجود صيغ قياسية للعثور على المنطقة تحت التوزيع الطبيعي).

يمكن للمرء أن يلائم هذا النموذج باستخدام أساليب ML أو Bayesian القياسية. تشمل التطبيقات الحالية خوارزمية تعظيم التوقع (EM) (Felsenstein 2005 ، 2012) و Bayesian MCMC (Revell 2014).

يختلف نموذج العتبة في بعض الطرق الرئيسية عن النماذج القياسية من النوع Mk. بادئ ذي بدء ، تتطور أحرف العتبة بشكل مختلف عن الأحرف غير الحدية بسبب مسؤوليتها الأساسية. على وجه الخصوص ، يعتمد معدل التغيير الفعال للحرف المنفصل على مقدار الوقت الذي كان فيه النسب في حالة الحرف تلك. الشخصيات التي تغيرت للتو (على سبيل المثال ، من 0 إلى 1) من المحتمل أن تتغير مرة أخرى (من 1 إلى 0) ، حيث من المحتمل أن تكون المسؤولية قريبة من الحد الأدنى. على النقيض من ذلك ، فإن الشخصيات التي كانت في حالة أو أخرى لفترة طويلة تميل إلى أنه من غير المرجح أن تتغير (حيث من المحتمل أن تكون المسؤولية بعيدة جدًا عن العتبة). يتطابق هذا الاختلاف مع الحدس البيولوجي لبعض الشخصيات ، حيث تعني ملايين السنين في حالة واحدة أن التغيير إلى حالة مختلفة قد يكون غير محتمل. يمكن أن يفسر سلوك نموذج العتبة هذا التباين في معدلات الانتقال عبر الكتل دون إضافة معلمات نموذج إضافية. ثانيًا ، يتسع نموذج العتبة لتغطية أكثر من حرف واحد بسهولة أكبر من نماذج Mk. أخيرًا ، في إطار العتبة ، من السهل توسيع النموذج ليشمل مزيجًا من الأحرف المنفصلة والمتصلة - بشكل أساسي ، يفترض المرء أن الأحرف المستمرة تشبه "الالتزامات الملحوظة" ، ويمكن تشكيلها مع الأحرف المنفصلة.


المسؤولية الوراثية ، نموذج الحد.

يرتبط كل من نموذج المسؤولية والعتبة بالاضطرابات متعددة العوامل. تُظهر الكثير من السمات متعددة العوامل مثل الطول والذكاء تباينًا مستمرًا يبدو منطقيًا استنادًا إلى العدد الكبير من العوامل الوراثية والبيئية التي يمكن أن تؤثر عليها. ومع ذلك ، يمكن رؤية بعض الاضطرابات متعددة العوامل مثل داء السكري والتوحد على أنها تظهر تباينًا متقطعًا مع الأفراد المتأثرين أو الذين لا يعانون من حالة وسيطة. يسمح نموذج العتبة بشرح هذه الظاهرة.


خلفية

الهدف الرئيسي في تسلسل الجينومات المختلفة هو تحديد التغيرات الجينية المسؤولة عن الاختلافات الفسيولوجية بين هذه الكائنات. في هذا الصدد ، حددت المقارنة بين جينومات الإنسان والقوارض توسعًا في جينات القوارض المتورطة في الإخصاب ونضج الحيوانات المنوية ، أو دفاع المضيف ، أو إدراك الرائحة ، أو إزالة السموم [1-3] ، مما يؤكد الاختلافات الفسيولوجية على المستوى الجيني في هذه العمليات بين البشر والقوارض. بالإضافة إلى ذلك ، فإن تطوير عمليات بيولوجية محددة أثناء التطور ، على سبيل المثال إنتاج الحليب في الثدييات ، كان مصحوبًا بظهور جينات جديدة متورطة في هذه الوظائف الجديدة ، مثل الكازين و α-lactalbumin [4]. لذلك ، يبدو أن اكتساب وظائف فسيولوجية جديدة أثناء تطور الفقاريات كان مدفوعًا بتوليد جينات جديدة تتكيف مع هذه الوظائف الجديدة. ومع ذلك ، على الرغم من أن المكاسب الجينية تشكل آلية بديهية لتطوير وظائف بيولوجية جديدة ، فقد كانت الخسائر الجينية مهمة أيضًا أثناء التطور ، من الناحيتين الكمية والنوعية [5-9]. أدى التوافر الأخير للعديد من جينومات الفقاريات إلى فتح إمكانية إجراء تحليل تطوري واسع النطاق من أجل تحديد الجينات التفاضلية المسؤولة عن الاختلافات المحددة في عمليات بيولوجية معينة.

خلد الماء منقار البط (Ornithorhynchus anatinus) يمثل مورداً قيماً للكشف عن الآليات الجزيئية التي كانت نشطة أثناء تطور الثدييات ، وذلك بسبب موقعها النشئي ووجود خصائص بيولوجية فريدة [10]. جنبا إلى جنب مع القنفذ ، يشكل خلد الماء فئة فرعية Monotremata (prototherians) وهي واحدة من الفئتين الفرعيتين اللتين تنقسم إليهما الثدييات ، جنبًا إلى جنب مع الثيريات ، والتي تنقسم إلى جرابيات (metatherians) والثدييات المشيمية (eutherians) [11]. إن ظهور الخصائص الخاصة بالثدييات مثل الحرارة المتجانسة ووجود الفراء والغدد الثديية يجعل هذا الكائن الحي عنصرًا أساسيًا في توضيح العوامل الوراثية المتورطة في ظهور هذه الوظائف البيولوجية. ومع ذلك ، منذ آخر سلف مشترك للثدييات ، منذ أكثر من 166 مليون سنة (MYA) [12 ، 13] ، ظهرت خصائص أخرى ، مثل وجود غدد السم أو الاستقبال الكهربائي ، وفقدت بعض خصائص الفقاريات ، مما أدى إلى عدم وجود أسنان بالغة أو معدة وظيفية [14 ، 15].

في هذا العمل ، نوضح أنه كان هناك حذف وتعطيل انتقائي في جينوم خلد الماء للعديد من الجينات المتورطة في نشاط المعدة ، بما في ذلك جميع الجينات المشفرة لبروتياز البيبسين ، والتي تشارك في الهضم الأولي للبروتينات في الرقم الهيدروجيني الحمضي للمعدة ، وكذلك الجينات اللازمة لإفراز الحمض في هذا العضو (الشكل 1). يوفر فقدان وتعطيل هذه الجينات أساسًا جزيئيًا لفهم الآليات المسؤولة عن غياب معدة وظيفية في خلد الماء ، وتوسيع معرفتنا بتطور جينومات الثدييات.

مخطط الجهاز الهضمي eutherian ، يوضح الغدد المعدية وأنواع الخلايا المحددة. يشار إلى البروتينات التي يفرزها كل نوع من الخلايا والمتورطة بشكل مباشر في هضم الطعام ، مع إبراز البروتينات الغائبة في خلد الماء باللون الأحمر. * يتم إنتاج العامل الداخلي المعدي بواسطة الخلايا الجدارية في الإنسان ولكن في البنكرياس من monotremes والثدييات الأخرى.


إحصائيات من Altmetric.com

Interleukin-15 (IL-15) عبارة عن سيتوكين سلسلة γ شائع يلعب دورًا حاسمًا في تطوير ووظيفة القاتل الطبيعي (NK) وخلايا الذاكرة التائية CD8 +. IL-15R) يجمع الوحدات الفرعية IL-15Rα و IL-2Rβ و IL-2Rγ .3 بمجرد ربطه بغشاء IL-15Rα ، يتم تقديم مجمع IL-15 / IL-15Rα إلى IL-2Rβγ على نفس (رابطة الدول المستقلة) أو الخلايا المجاورة (العابرة) 3 4 أو المشقوقة من سطح الخلية مما يسمح للمركب القابل للذوبان بالارتباط بـ IL-2Rβγ.3 5 إشراك IL-2Rβγ يمكن أن ينشط محول إشارة Janus kinase (JAK) ومنشط النسخ (STAT5) ، phosphoinositide 3 -كيناز (PI3K) ومسارات إشارات البروتين كيناز المنشط للميتوجين (MAPK). الفئران التي تعاني من نقص وراثي في ​​IL-15 أو IL-15Rα.6. الاهتمام بعلاج السرطان. في الرئيسيات غير البشرية ، تسبب rhIL-15 في التنشيط التفضيلي وانتشار الخلايا NK و CD8 + T علاوة على ذلك ، في نماذج تجريبية متعددة ، أظهر rhIL-15 فعالية مضادة للأورام من خلال تعزيز الوظيفة السامة للخلايا في الخلايا المناعية المضيفة أو الخلايا التائية المنقولة بالتبني .9 10 على الرغم من وجود مبرر ميكانيكي قوي ، فقد أعاق علم الصيدلة rhIL-15 تقدمه في الممارسة السريرية. في أول دراسة أجريت على الإنسان لـ rhIL-15 ، كان متوسط ​​عمر النصف للبلازما حوالي 2.5 ساعة بعد إعطاء البلعة في الوريد. ، ولكن كان مرتبطًا بسمية غير مجدية مرتبطة بتركيز الذروة.

تم تطوير ناهضات بديلة تعتمد على rhIL-15 لتحسين ملف الحرائك الدوائية (PK) لـ rhIL-15. يعتمد العديد منها على جزيئات rhIL-15 / IL-15Rα مسبقة التجميع والتي تجمع بين rhIL-15 مع نسخة قابلة للذوبان من IL-15Rα4 13 لتعمل بمثابة ناهض سلسلة IL-2Rβ مستقل عن التعبير الخلوي IL-15Rα. كان من المتوقع أن تتوسط جزيئات 15 / IL-15Rα استجابات IL-15 بفاعلية أعلى ، مما يؤدي إلى تحفيز تفضيلي لـ IL-2Rβ معربًا عن مجموعات فرعية من الخلايا الليمفاوية. / قد تؤدي جزيئات IL-15Rα إلى استنفاد الخلايا الليمفاوية. إلى IgG1 Fc.15 على الرغم من إثبات درجة معينة من الفعالية العلاجية في التجارب السريرية ، 16 17 تقل الاستجابة التكاثرية لـ N-803 بعد تكرار الجرعات ، مما يشير إلى أن العلاج المطول قد يؤدي إلى استجابة بيولوجية ضعيفة (تسرع).

تم تصميم NKTR-255 لتحسين العلاجات المناعية القائمة على rhIL-15. تم تصميم هذا المركب الجديد من البولي إيثيلين جلايكول (PEG) لـ rhIL-15 للاحتفاظ بجميع تفاعلات ارتباط المستقبلات المعروفة لجزيء IL-15 الأصلي ، ولتحسين ملف PK أكثر من rhIL-15. هنا ، نُبلغ عن التأثيرات قبل السريرية لـ NKTR-255 لوصف إمكاناته كعلاج مضاد للسرطان. نستكشف أيضًا الاختلافات البيولوجية والدوائية بين السيتوكينات الداخلية المعتمدة على IL-15Rα (NKTR-255 و rhIL-15) و IL-15Rα المستقلة (rhIL-15 / IL-15Rα) المستقلة. تدعم نتائجنا التطوير المستقبلي لـ NKTR-255 لعلاج السرطان.


عتبة الكلى للجلوكوز

يتم تعريف العتبة الكلوية لإفراز الجلوكوز على أنها تركيز الجلوكوز في البلازما حيث يتم تجاوز إعادة الامتصاص الأنبوبي الكلوي للجلوكوز ، لذلك ، عندما تكون تركيزات الجلوكوز أعلى من هذه العتبة (العتبة الكلوية لإفراز الجلوكوز) ، يزداد إفراز الجلوكوز في البول خطيًا ، وتكون نسبة الجلوكوز في البول أقل من الكلى. عتبة لتركيز إفراز الجلوكوز ، الجلوكوز هو الحد الأدنى 1). العتبة الكلوية للجلوكوز في الأشخاص الأصحاء هي 180 مجم / ديسيلتر ، بينما ترتفع العتبة الكلوية للجلوكوز في مرضى السكري من النوع 2 إلى ∼ 240 مجم / ديسيلتر. يبدو أن هذه القيمة الأعلى ترجع إلى زيادة تعبير الناقل المشترك 2 لجلوكوز الصوديوم (SGLT-2) في مرضى السكري من النوع 2.

تلعب الكلى دورًا مهمًا في تنظيم توازن الجلوكوز من خلال الاستفادة من الجلوكوز وتكوين السكر وإعادة امتصاص الجلوكوز عن طريق ناقلات الجلوكوز الصوديوم (SGLTs) وناقلات الجلوكوز ، وتصفية 160 إلى 180 جرامًا من الجلوكوز يوميًا في الأفراد الأصحاء ، والتي يتم امتصاصها جميعًا داخل الأنابيب القريبة 2). يتم التعبير عن ناقل الجلوكوز داخل النبيبات القريبة البعيدة (نسبة الصوديوم: الجلوكوز 2: 1) ثم يعاد امتصاصه في الدم عن طريق ناقل الجلوكوز 1 (GLUT1) 3). يتم زيادة العتبة الكلوية لإفراز الجلوكوز في المرضى الذين يعانون من داء السكري من النوع 2 ، وربما يرجع ذلك إلى زيادة تنظيم الناقل المشترك لجلوكوز الصوديوم 2 (SGLT-2) وتعبير الناقل المشترك للجلوكوز 1 (SGLT-1). يُعتقد أن الزيادة الناتجة في إعادة امتصاص الجلوكوز الكلوي تساهم في الحفاظ على ارتفاع السكر في الدم لدى مرضى السكري من النوع 2. تعمل مثبطات ناقل جلوكوز الصوديوم الانتقائي 2 (SGLT-2) على تقليل عتبة الكلى للجلوكوز ، وبالتالي زيادة نسبة الجلوكوز في الدم ، وأظهرت فعالية وسلامة مواتية في المرضى الذين يعانون من داء السكري من النوع 2 غير مضبوط بشكل كافٍ مع النظام الغذائي والتمارين الرياضية وغيرها من علاجات خفض الجلوكوز .

تم وصف العلاقة الفسيولوجية بين تركيز الجلوكوز في البلازما وتدفق الجلوكوز الكلوي (أي الترشيح وإعادة الامتصاص والإفراز) كعلاقة من نوع العتبة (الشكل 1) 4). تزداد كمية الجلوكوز التي تمت تصفيتها عن طريق الكلى بطريقة خطية مع زيادة تركيز الجلوكوز في البلازما وتنخفض مع انخفاض معدل الترشيح الكبيبي (GFR). ومع ذلك ، هناك انحراف واضح ("التباعد") عن هذه العلاقة الخطية حيث أن قدرة الكلى على إعادة امتصاص الجلوكوز تقترب من التشبع الذي يُعتقد أنه ناتج عن التباين في قدرة إعادة الامتصاص القصوى بين النيفرونات الفردية 6).

في ظل الظروف العادية لدى الأفراد الأصحاء ، يُعاد امتصاص كل الجلوكوز المفلتر تقريبًا في الأنابيب الكلوية 7). ومع ذلك ، عندما يتجاوز حمل الجلوكوز المفلتر السعة الأنبوبية القصوى لإعادة امتصاص الجلوكوز (العتبة الكلوية للجلوكوز حوالي 375 مجم / دقيقة [425 جم / يوم] في الأفراد الأصحاء) ، يتم إفراز الجلوكوز الزائد في البول (الشكل 1) 8). تم تطوير طريقة جديدة لقياس عتبة الكلى للجلوكوز في بيئة التجارب السريرية ، والتي تستخدم البيانات التي تم جمعها من اختبار تحمل الوجبات المختلطة ، والتحقق من صحتها 9). تُستخدم معلمات تركيز الجلوكوز في الدم ، وإفراز الجلوكوز في البول وتقدير معدل الترشيح الكبيبي (GFR) لحساب العتبة الكلوية لإفراز الجلوكوز عندما يكون إفراز الجلوكوز في البول على مدار 24 ساعة أكثر من 600 مجم. قد يوفر هذا أداة بسيطة لمزيد من التحقيق في دور عتبة الكلى للجلوكوز أثناء ارتفاع السكر في الدم.

تمت ملاحظة زيادة إعادة الامتصاص الأنبوبي في سياق مرض السكري باستخدام نموذج الفئران لمرض السكري - لوحظ وجود عتبة كلوية لمستويات الجلوكوز التي تبلغ حوالي 415 مجم / ديسيلتر (23 مليمول / لتر) ولم يكن الجلوكوز واضحًا حتى كانت مستويات الجلوكوز في الدم أعلى من 400 مجم / ديسيلتر. ديسيلتر (22 مليمول / لتر) 10). تمشيا مع هذا ، غالبًا ما يتم الإبلاغ عن العتبة الكلوية للجلوكوز ما يقرب من 180 إلى 200 ملجم / ديسيلتر (10-11 مليمول / لتر) في الأفراد الأصحاء 11) بينما في المرضى الذين يعانون من داء السكري من النوع 2 ، ترتفع العتبة الكلوية للجلوكوز ( الشكل 2) 12). في حين أن الدراسات التي تقيم عتبة الكلى للجلوكوز في المرضى الذين يعانون من داء السكري من النوع 2 تشير إلى بعض التباين الفردي ، فإن العديد من المرضى يظهرون قيمًا مرتفعة أعلى من النطاق الطبيعي ، بقيم تتراوح من 112 إلى 240 مجم / ديسيلتر (6.2-13.3 ملي مول / لتر) 13).

قد ترتفع عتبة الجلوكوز الكلوية أيضًا لدى الأفراد المصابين بداء السكري ، مما يساهم في تفاقم ارتفاع السكر في الدم 14). قد تكون زيادة إعادة الامتصاص الأنبوبي ناتجة عن زيادة في تعبير أو نشاط ناقل الجلوكوز (GLUT) ، مع زيادة تنظيم SGLT2 أو GLUT2 كآليات محتملة لزيادة إعادة امتصاص الجلوكوز. في إحدى الدراسات ، تم عزل الخلايا الأنبوبية القريبة من بول المرضى المصابين بداء السكري من النوع 2 والضوابط الصحية 15). في بيئة ثقافة ارتفاع السكر في الدم ، كانت مستويات كل من SGLT2 و GLUT2 mRNA ونقل الجلوكوز أعلى بشكل ملحوظ في مجموعة داء السكري من النوع 2 مقابل مجموعة الضوابط. أنتجت نماذج القوارض لمرض السكري نتائج مماثلة ، حيث أبلغت عن زيادة كبيرة في التعبير عن SGLT2 و GLUT2 و SGLT1 الكلوي مقارنةً بالضوابط العادية 16).

تؤدي الزيادات في إعادة الامتصاص الأنبوبي لدى الأفراد المصابين بداء السكري من النوع 2 إلى زيادة تدفق الجلوكوز في الدم ، مما يؤدي إلى تفاقم ارتفاع السكر في الدم 17). استنادًا إلى الملاحظات التي تشير إلى أن متوسط ​​الحد الكلوي للجلوكوز يبلغ حوالي 40 مجم / ديسيلتر (2.2 ملي مول / لتر) أعلى في المرضى الذين يعانون من داء السكري من النوع 2 18) من القيم الشائعة المبلغ عنها من 180 إلى 200 مجم / ديسيلتر (10-11 ملي مول / لتر). ) لدى الأفراد الأصحاء 19) وباستخدام متوسط ​​معدل الترشيح الكبيبي (GFR) يبلغ 100 مل / دقيقة ، تشير الحسابات إلى أن الحد الكلوي المرتفع للجلوكوز يؤدي إلى متوسط ​​ما يقرب من 50 إلى 70 مجم / دقيقة من الجلوكوز الإضافي الذي يتم امتصاصه في الدورة الدموية عندما يكون الجلوكوز في البلازما أعلى من العتبة الكلوية للجلوكوز ، بالنسبة لإعادة امتصاص الجلوكوز إذا لم يتم زيادة العتبة الكلوية للجلوكوز. للمقارنة ، يُقدر أن ارتفاع إنتاج الجلوكوز الكبدي يساهم بحوالي 24 مجم / دقيقة من الجلوكوز الإضافي في مريض وزنه 100 كجم مصاب بداء السكري من النوع 2 (بافتراض زيادة بنسبة 12٪ عن القيمة الأساسية البالغة 2 مجم / كجم / دقيقة) 20) . وبالتالي ، تساهم الكلى والكبد بشكل كبير في ارتفاع السكر في الدم الذي يظهر في مرضى السكري من النوع 2. ومع ذلك ، تجدر الإشارة إلى أن إعادة امتصاص الجلوكوز الكلوي الإضافي قد يكون أقل بكثير في المرضى الذين يعانون من اختلال وظائف الكلى ، لأن معدل الترشيح الكبيبي الخاص بهم سيكون أقل من 100 مل / دقيقة.

الشكل 1. عتبة الكلى للجلوكوز

هامش: التعامل مع الجلوكوز الكلوي. تم حساب معدلات الجريان (الترشيح ، إعادة الامتصاص ، والإفراز) باستخدام معدل ترشيح كبيبي يبلغ 120 مل / دقيقة لكل 1.73 متر مربع وعتبة كلوية تبلغ 180 مجم / ديسيلتر (10 مللي مول / لتر). مع زيادة تركيزات الجلوكوز في البلازما ومعدلات ترشيح الجلوكوز ، ترتفع إعادة الامتصاص خطيًا إلى الحد الأقصى (TmG) عند عتبة الجلوكوز في البلازما المفلطحة (تقليديًا ، 180 مجم / ديسيلتر) ، وبعد ذلك يبدأ الإفراز في الزيادة خطيًا.

الشكل 2.عتبة الكلى للجلوكوز

هامش: العلاقة الخطية بين إفراز الجلوكوز في البول وتركيز الجلوكوز في البلازما لدى الأفراد الأصحاء والمرضى المصابين بداء السكري من النوع 2 (T2DM). العلاقة الفعلية بين تركيز الجلوكوز في البلازما وإفراز الجلوكوز البولي (UGE) تحتوي على بعض التطاير في المنطقة القريبة من عتبة الكلوي للجلوكوز (RTG) 21) يتم وصف العلاقة المثالية هنا.

برز تثبيط SGLT2 كمحور لتطوير علاجات جديدة للمرضى المصابين بداء السكري من النوع 2. تقلل هذه العلاجات من تركيزات الجلوكوز في الدم عن طريق خفض عتبة الكلى للجلوكوز وتحفيز الجلوكوز بطريقة مستقلة عن الأنسولين 23). تمت الموافقة حاليًا على اثنين من مثبطات SGLT2 ، وهما canagliflozin و dapagliflozin ، للاستخدام في مرضى السكري من النوع 2 في أكثر من 30 دولة حول العالم ، بما في ذلك الولايات المتحدة والاتحاد الأوروبي ، وهناك أدوية أخرى قيد التطوير السريري حاليًا 24).

Canagliflozin هو مثبط نشط عن طريق الفم لـ SGLT2 يخفض تركيزات الجلوكوز المرتفعة في البلازما عن طريق الحد من إعادة امتصاص الجلوكوز المفلتر في المرضى المصابين بداء السكري من النوع 2. إن تقارب Canagliflozin لـ SGLT2 أكبر بحوالي 150 ضعفًا من تقاربه مع SGLT1 26) ، وقد ثبت أن العلاج باستخدام canagliflozin يقلل من متوسط ​​العتبة الكلوية على مدار 24 ساعة للجلوكوز بطريقة تعتمد على الجرعة ، مع قمع أقصى (عند الجرعات و GT100 ملغ مرة واحدة يوميًا) إلى ما يقرب من 60 مجم / ديسيلتر (3.3 ملي مول / لتر) في الأفراد الأصحاء 27) وما يقرب من 70 إلى 90 مجم / ديسيلتر (3.9-5.0 ملي مول / لتر) في المرضى المصابين بداء السكري من النوع 2 28). أظهر تحليل البيانات المأخوذة من أربع دراسات للديناميكا الدوائية للمرحلة الأولى من canagliflozin أن العتبة الكلوية للجلوكوز ترتبط باستمرار مع متوسط ​​تركيز الجلوكوز في البلازما على مدار 24 ساعة في مرضى السكري من النوع 2 29). وقد ثبت أن جرعة 300 ملغ من كاناجليفلوزين توفر انخفاضًا أكبر في نزهة الجلوكوز في البلازما بعد الأكل من تلك التي لوحظت مع جرعة 100 ملغ 30). قد يكون هذا التأثير ناتجًا جزئيًا عن تثبيط موضعي لـ SGLT1 المعوي (GLUT معوي مهم) المرتبط بتركيزات عالية عابرة من canagliflozin في تجويف الأمعاء قبل امتصاص المنتج الطبي (canagliflozin هو مثبط منخفض الفعالية لـ SGLT1) 31). ومع ذلك ، فإن المستويات الجهازية من canagliflozin 300 mg لم تثبط بشكل فعال SGLT1 وأظهرت الدراسات عدم وجود سوء امتصاص للجلوكوز مع canagliflozin 32).

كعلاج وحيد أو كمساعد مساعد للأدوية المضادة لمرض السكر التي تؤخذ عن طريق الفم ، فقد ثبت أن canagliflozin يقلل بشكل كبير من HbA1c وجلوكوز بلازما الصيام مقارنة مع الدواء الوهمي 33). إن زيادة إفراز الجلوكوز في البول مع تثبيط SGLT2 يترجم أيضًا إلى إدرار البول الأسموزي ، مع تأثير مدر للبول يؤدي إلى انخفاض ضغط الدم الانقباضي مقارنة بالدواء الوهمي. تؤدي الزيادة في إفراز الجلوكوز في البول أيضًا إلى خسارة صافية للسعرات الحرارية ، وبالتالي انخفاض مستدام في وزن الجسم ، كما يتضح من التجارب السريرية التي أجريت لمدة تصل إلى سنتين والتي أجريت على المرضى الداخليين المصابين بداء السكري من النوع 2 34).

Dapagliflozin هو مثبط SGLT2 نشط عن طريق الفم مع انتقائية لـ SGLT2 أكبر بأكثر من 1400 ضعف بالنسبة لـ SGLT1 35). ثبت أن العلاج باستخدام داباجليفلوزين يخفض عتبة الكلى للجلوكوز ويحث على إفراز الجلوكوز في البول ، مما يؤدي إلى انخفاض كبير في تركيزات الجلوكوز في البلازما لدى الأفراد الأصحاء 36) وفي المرضى الذين يعانون من داء السكري من النوع 2 37). في التجارب المعشاة ذات الضبط الوهمي والنشط ، قدم داباغليفلوزين تحسينات ذات دلالة إحصائية من حيث HbA1c وجلوكوز البلازما الصائم 38) ووزن الجسم وضغط الدم الانقباضي كانت فوائد غير سكر الدم لوحظت في هذه الدراسات 39).


الحواشي

المواد التكميلية الإلكترونية متاحة على الإنترنت على https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.4971059.

مراجع

Benichou G ، Akiyama Y ، Roughan J ، Iwamoto Y ، Tocco G

. 2004 آليات التعرف الشامل. في البيولوجيا المناعية لزرع الأعضاء (محرران

) ، ص 107 - 137. بوسطن ، ماساتشوستس: سبرينغر. منحة جوجل

. 1964 التطور الجيني للسلوك الاجتماعي. J. Theor. بيول. 7، 1-16. (دوى: 10.1016 / 0022-5193 (64) 90038-4) كروسريف ، PubMed ، ISI ، الباحث العلمي من Google

. 1983 التعرف على الأقارب في الحيوانات: يثير انتشار المحسوبية بين الحيوانات أسئلة أساسية حول كيف ولماذا يميزون الأقارب عن الأفراد غير المرتبطين. أكون. علوم. 71، 46-55. ISI ، الباحث العلمي من Google

. 1998 تطور اختيار الشريك واحتمال الصراع بين الأنواع والاعتراف بجودة القرين. بروك. R. Soc. لوند. ب 265، 1743-1748. (دوى: 10.1098 / rspb.1998.0497) الرابط ، ISI ، الباحث العلمي من Google

. 2003 استخدام إشارات متعددة في اختيار الشريك. بيول. القس. 78، 575-595. (دوى: 10.1017 / S1464793103006158) كروسريف ، PubMed ، ISI ، الباحث العلمي من Google

فيلبس إس إم ، راند أس ، ريان إم جي

. 2006 إطار معرفي لاختيار الشريك والتعرف على الأنواع. أكون. نات. 167، 28-42. (دوى: 10.1086 / 498538) كروسريف ، PubMed ، ISI ، الباحث العلمي من Google

. 1989 تطور عتبات القبول المحددة. أكون. نات. 133، 407-435. (دوى: 10.1086 / 284926) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

. 1998 همسات تآمرية وعروض بارزة: ألعاب كشف الإشارة. تطور 52، 1554-1563. (دوى: 10.1111 / j.1558-5646.1998.tb02236.x) كروسريف ، PubMed ، ISI ، الباحث العلمي من Google

Trimmer P، Ehlman S، McNamara J، Sih A

. 2017 الإشارات الخاطئة لنظرية الكشف. بروك. R. Soc. ب 284، 20171852. (doi: 10.1098 / rspb.2017.1852) Link، ISI، Google Scholar

بيترسون دبليو ، بيردسال تي ، فوكس دبليو

. 1954 نظرية كشف الإشارة. IEEE Trans. المشاة. نظرية 4، 171-212. (دوى: 10.1109 / TIT.1954.1057460) الباحث العلمي من Google

. 2004 التحولات الجينية في عتبات الاندماج والرفض في هيدروزوان بحري استعماري ، Hydractinia symbiolongicarpus . Behav. ايكول. سوسيوبيول. 57، 40-49. (دوى: 10.1007 / s00265-004-0831-4) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

ميرموز مي ، هاوبت سي ، فرنانديز جي

. تقلل طيور المستنقعات ذات اللون البني والأصفر لعام 2016 من عتبة قبولها لبيض طفيل الحضنة المحاكي في وجود بيض غير مقلد. J. Ethol. 34، 65-71. (دوى: 10.1007 / s10164-015-0447-3) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

داونز إس جي ، راتنيكس فلو ، بادكوك NS ، مينوت أ

. 2001 لا يستخدم حراس نحل العسل الروائح المشتقة من الطعام للتعرف على غيرهم من الأصدقاء: اختبار لفرضية تقارب الرائحة. Behav. ايكول. 12، 47-50. (دوى: 10.1093 / oxfordjournals.beheco.a000377) كروسريف ، ISI ، الباحث العلمي من Google

Rios-Cardenas O ، Darrah A ، Morris MR

. 2010 تقليد أنثى وسمة منتقاة جنسيًا محسّنة: ما الذي يتطلبه خداع الذكر؟ سلوك 147، 1443-1460. (دوى: 10.1163 / 000579510X519693) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

كابراناس أ ، ماهر إيه إم دي ، غريفين سي تي

. 2016 الارتباط العالي يخفف من معدل الوفيات في الديدان الخيطية مع قتال الذكور المميت. J. Evol. بيول. 29، 344-351. (دوى: 10.1111 / jeb.12786) كروسريف ، PubMed ، ISI ، الباحث العلمي من Google

. قد تسمح وفرة النماذج العالية لعام 2010 بالتطور التدريجي لمحاكاة باتيسي: اختبار تجريبي. بروك. R. Soc. ب 277، 1041-1048. (دوى: 10.1098 / rspb.2009.2000) الرابط ، ISI ، الباحث العلمي من Google

. 2012 خداع الخبراء: محاكاة صوتية دقيقة في أغنية طائر القيثارة الرائع ، Menura novaehollandiae . الرسوم المتحركة. Behav. 83، 1401-1410. (دوى: 10.1016 / j.anbehav.2012.03.009) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

Jones SM ، و van Zweden JS ، و Grüter C ، و Menezes C ، و Alves DA ، و Nunes-Silva P ، و Czaczkes T ، و Imperatriz-Fonseca VL ، و Ratnieks FLW

. 2012 دور الشمع والراتنج في نظام التعرف على رفقاء العش لنحل لاذع ، تيتراجونيسكا أنجستولا . Behav. ايكول. سوسيوبيول. 66، 1-12. (دوى: 10.1007 / s00265-011-1246-7) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

موراتا إن ، تسوجي ك ، كيكوتشي تي

. 2017 الهيكل الاجتماعي والتمييز بين العش في نوعين من Brachyponera توزيع النمل في اليابان. انتومول. علوم. 20، 86-95. (دوى: 10.1111 / ens.12232) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

. 2005 انخفاض النمو ولكن ليس بقاء الكتاكيت ذات أنماط التثاءب المتغيرة: الآثار المترتبة على تطور تشابه الأعشاش في طائر طفيلي. الرسوم المتحركة. Behav. 70، 839-848. (دوى: 10.1016 / j.anbehav.2005.01.007) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

. 2003 طفيليات الدبابير الاجتماعية تؤثر على قدرات التعرف على عشها لمضيفيها (Polistes atrimandibularis و P. biglumis، غشائيات الأجنحة ، Vespidae). حشرة. شركة 50، 82-87. (دوى: 10.1007 / s000400300013) كروسريف ، آي إس آي ، الباحث العلمي من Google

. 2020 الاستثمارات المستقرة تطوريًا في أنظمة التعرف تفسر أنماط فشل التمييز والنجاح. فيل. عبر. R. Soc. ب 375، 20190465. (دوى: 10.1098 / rstb.2019.0465) رابط ، الباحث العلمي من Google

Hanley D ، Lopez AV ، Fiorini VD ، Grim T

. 2019 التغيير في إشارات التعرف متعدد المكونات يغير قرارات رفض البيض: اختبار فرضية عتبة القبول المثلى. فيل. عبر. R. Soc. ب 374، 20180195. (دوى: 10.1098 / rstb.2018.0195) الرابط ، ISI ، الباحث العلمي من Google


جدول المحتويات

كيف تتواصل الكائنات البيولوجية ، وتصنع الهياكل ، وتتخذ القياسات والقرارات ، وتبحث عن الطعام ، أي تفعل كل الأشياء اللازمة للبقاء على قيد الحياة؟ يستخدم هذا الكتاب ، المصمم لجمهور متقدم في المرحلة الجامعية ، الرياضيات للبدء في سرد ​​تلك القصة. إنه يبني على خلفية في حساب التفاضل والتكامل متعدد المتغيرات والمعادلات التفاضلية العادية والعمليات العشوائية الأساسية ويستخدم المعادلات التفاضلية الجزئية كإطار لاستكشاف هذه الأسئلة من خلاله.

يتوفر دليل حلول المعلم لهذا العنوان إلكترونيًا لأولئك المعلمين الذين اعتمدوا الكتاب المدرسي لاستخدامه في الفصل الدراسي. يرجى إرسال بريد إلكتروني إلى [email protected] لمزيد من المعلومات.

يروي هذا الكتاب قصة العمليات الحية التي تتغير في الزمان والمكان. مدفوعة بالاستقصاء العلمي ، يتم تطبيق طرق من المعادلات التفاضلية الجزئية ، والعمليات العشوائية ، والأنظمة الديناميكية ، والأساليب العددية على الموضوع ، ويبدو عرضها بلا جهد في السعي وراء فهم بيولوجي أعمق. مع مواضيع تتراوح من تجمعات دودة التنوب إلى ديناميكيات الكالسيوم ومن أنماط شجيرة النمر إلى السلوك الجماعي ، هذا أمر لا بد منه لأي شخص جاد في علم الأحياء الرياضي الحديث.

و [مدش] مارك لويس ، جامعة ألبرتا

البروفيسور كينر هو أحد العقول العظيمة في بيولوجيا الرياضيات الذي قام بتدريب أجيال من العلماء وعلماء الرياضيات على مر السنين.

& [مدش] ليا إدلشتاين كيشيت ، جامعة كولومبيا البريطانية

هذا كتاب رائع لأولئك منا الذين يعلمون النمذجة الرياضية للظواهر الزمانية المكانية في علم الأحياء ، ولأي شخص يرغب في الانتقال إلى هذا المجال. يرشد القارئ إلى الكيفية التي يجب أن يتعامل بها المرء مع فن النمذجة ، وبطريقة منهجية وطبيعية للغاية ، يقدم العديد من المناهج الحسابية والحاسوبية الضرورية ، ويدمجها بسلاسة مع علم الأحياء. إنه لمن دواعي سروري أن أقرأ.


فومبون ، إي. وبائيات اضطراب التوحد واضطرابات النمو الأخرى المنتشرة. J. كلين. الطب النفسي 66 (ملحق 10) ، 3-8 (2005).

بلومكويست ، إتش ك وآخرون. تواتر متلازمة X الهش في التوحد الطفولي. دراسة سويدية متعددة المراكز. كلين. جينيه. 27, 113–117 (1985).

جاكيمونت ، إم إل وآخرون. يحدد التهجين الجيني المقارن القائم على المصفوفة التردد العالي لإعادة ترتيب الكروموسومات المشفرة في المرضى الذين يعانون من اضطرابات طيف التوحد المتلازمية. جيه ميد. جينيه. 43, 843–849 (2006). العديدة من جديد لقد حظيت عمليات الحذف التي تم الإبلاغ عنها في هذا العمل باهتمام ضئيل نسبيًا ولكنها ربما تكون مهمة في ASDs. تظهر هذه البيانات أيضا أن نادرة من جديد من المحتمل أن تظهر الطفرات بترددات عالية بشكل خاص في مجموعات المتلازمات.

سبات ، ج. وآخرون. ارتباط قوي بـ من جديد نسخ عدد الطفرات مع التوحد. علم 316, 445–449 (2007). إلى جانب تحديد CNV المهم الذي من المرجح أن يثبت أهميته لفهمنا لتوحدات التوحد ، تسلط هذه الدراسة الضوء على اختلاف كبير في تواتر من جديد المتغيرات بين عائلات الإرسال البسيط ومتعدد الإرسال ، مما يزيد من احتمال مشاركة آليات متميزة في كل منهما.

سزاتماري ، ب. وآخرون. رسم خرائط مواقع مخاطر التوحد باستخدام الارتباط الجيني وإعادة ترتيب الكروموسومات. طبيعة الجينات. 39, 319–328 (2007). يحدد هذا العمل - أكبر دراسة ارتباط ASD نُشرت حتى الآن - عددًا من المواقع الجديدة التي تستحق اهتمامًا إضافيًا. يؤكد عدم وجود تداخل مع الدراسات المنشورة سابقًا على أهمية عدم التجانس الوراثي والنمط الظاهري في ASDs.

الزغبي ، ح. ي. اضطرابات النمو العصبي بعد الولادة: لقاء في المشبك؟ علم 302, 826–830 (2003).

Geschwind، D.H & amp Levitt، P. اضطرابات طيف التوحد: متلازمات الانقطاع التنموي. بالعملة. رأي. نيوروبيول. 17, 103–111 (2007).

جورد ، ل.ب وآخرون. تحليل الفصل المعقد للتوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 49, 932–938 (1991).

بولتون ، ب وآخرون. دراسة تاريخ عائلي لمرض التوحد. J. الطفل النفسية. الطب النفسي 35, 877–900 (1994).

بيشوب ، دي في وآخرون. استخدام التقرير الذاتي لتحديد النمط الظاهري الواسع لدى آباء الأطفال الذين يعانون من اضطرابات طيف التوحد: دراسة باستخدام حاصل طيف التوحد. J. الطفل النفسية. الطب النفسي 45, 1431–1436 (2004).

بيلي ، إيه وآخرون. التوحد كاضطراب وراثي قوي: دليل من دراسة بريطانية للتوائم. بسيتشول. ميد. 25, 63–77 (1995).

Steffenburg، S. et al. دراسة مزدوجة للتوحد في الدنمارك وفنلندا وأيسلندا والنرويج والسويد. J. الطفل النفسية. الطب النفسي 30, 405–416 (1989).

رونالد ، إيه وآخرون. عدم التجانس الجيني بين المكونات الثلاثة لطيف التوحد: دراسة مزدوجة. جيه. أكاد. مراهق الطفل ج. الطب النفسي 45, 691–699 (2006).

Alarcon، M.، Cantor، R. M.، Liu، J.، Gilliam، T.C & amp Geschwind، D. H. أكون. جيه هوم. جينيه. 70, 60–71 (2002). تعد دراسة QTL الأولى في التوحد مهمة نظرًا لتحديدها للغة QTL على الكروموسوم 7q. يُظهر العمل اللاحق من هذه المجموعة أن هذا التأثير يُعزى ، جزئيًا على الأقل ، إلى الاختلاف في CNTNAP2.

شلينبيرج ، جي دي وآخرون. دليل لمواقع متعددة من مسح الجينوم لأقارب التوحد. مول. الطب النفسي 11, 1049–1060 (2006).

Chen، G. K.، Kono، N.، Geschwind، D.H & amp Cantor، R.M. تحليل موضع السمات الكمية للتواصل غير اللفظي في اضطراب طيف التوحد. مول. الطب النفسي 11, 214–220 (2006). من المحتمل أن يكون التباين في الأنماط الظاهرية الكمية المتعددة وراء مخاطر ASD. تشير هذه البيانات إلى أن المواقع الرئيسية تساهم في الجوانب غير اللفظية للتواصل لدى المرضى وتسليط الضوء على مقياس النمط الظاهري الوراثي الذي قد يكون مهمًا لتوصيف ASDs.

كونستانتينو ، جي إن وآخرون. هيكل عامل سمات التوحد. J. الطفل النفسية. الطب النفسي 45, 719–726 (2004).

تشاو ، إكس وآخرون. نظرية وراثية موحدة للتوحد المتقطع والوراثي. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 104, 12831–12836 (2007). يتحدى هذا العمل فكرة أن ASDs هي نتيجة تفاعلات بين أليلات مخاطر متعددة. تنتج بيانات النمذجة حجة مقنعة لفكرة أن نسبة كبيرة من حالات ASD هي نتيجة التمثيل السائد من جديد الطفرات.

فورستمان ، جيه إيه وآخرون. تحديد المناطق الجديدة المرشحة للتوحد من خلال تحليل التشوهات الوراثية الخلوية المرتبطة بالتوحد. مول. الطب النفسي 11, 18–28 (2006).

مارشال ، سي آر وآخرون. التباين الهيكلي من الكروموسومات في اضطرابات طيف التوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 82, 477–488 (2008).

دوراند ، سي إم وآخرون. ترتبط الطفرات في الجين الذي يشفر بروتين السقالة المشبكي SHANK3 باضطرابات طيف التوحد. طبيعة الجينات. 39, 25–27 (2007).

Moessner، R. et al. مساهمة طفرات SHANK3 في اضطراب طيف التوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 81, 1289–1297 (2007).

واسينك ، تي إتش وآخرون. تقييم جين الكروموسوم 2q37.3 CENTG2 كجينة قابلية للتوحد. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 136, 36–44 (2005).

Splawski، I. et al. يسبب خلل Ca (V) 1.2 في قناة الكالسيوم اضطرابًا متعدد الأنظمة بما في ذلك عدم انتظام ضربات القلب والتوحد. زنزانة 119, 19–31 (2004).

Samaco ، R. C. ، Hogart ، A. & amp LaSalle ، J. M. همم. مول. جينيه. 14, 483–492 (2005).

واتسون ، ب. وآخرون. النمط الظاهري لمتلازمة أنجلمان المرتبط بالطفرات في MECP2، وهو جين يقوم بترميز بروتين ربط ميثيل CpG. جيه ميد. جينيه. 38, 224–228 (2001). تسلط هذه الورقة الضوء على حقيقة أن التصنيف الجزيئي للمرضى ، كما هو الحال في الاضطرابات الأخرى ، سيكون مهمًا في فهمنا للعلاقات بين الأنواع الفرعية من ASD وفي تحديد الروابط المشتركة بينها.

نيشيمورا ، واي وآخرون. يميز التنميط الجينومي للتعبير عن خطوط الخلايا اللمفاوية الأشكال المختلفة من التوحد ويكشف عن مسارات مشتركة. همم. مول. جينيه. 16, 1682–1698 (2007).

Jamain، S. et al. ترتبط طفرات الجينات المرتبطة بـ X والتي تشفر الخلايا العصبية NLGN3 و NLGN4 بالتوحد. طبيعة الجينات. 34, 27–29 (2003). يقدم هذا العمل أول دليل على دور مسبب مهم لجينات نيوروليجين في ASDs.

يان ، ج وآخرون. تحليل جينات نيوروليجين 3 و 4 في التوحد والمرضى النفسيين العصبيين الآخرين. مول. الطب النفسي 10, 329–332 (2005).

كوموليتي ، د. وآخرون. تكشف طفرة Arg451Cys-neuroligin-3 المرتبطة بالتوحد عن وجود خلل في معالجة البروتين. J. نيوروسسي. 24, 4889–4893 (2004).

تابوتشي ، ك وآخرون. تزيد طفرة النيروليجين -3 المتورطة في التوحد من انتقال المشبك المثبط في الفئران. علم 318, 71–76 (2007).

Meyer ، G. ، Varoqueaux ، F. ، Neeb ، A. ، Oschlies ، M. & amp Brose ، N. تعقيد التفاعلات بوساطة المجال PDZ في المشابك الجلوتاماتيكية: دراسة حالة عن نيوروليجين. علم الادوية العصبية 47, 724–733 (2004).

Boucard ، A. A. ، Chubykin ، A. A. ، Comoletti ، D. ، Taylor ، P. & amp Sudhof ، T. عصبون 48, 229–236 (2005).

فينج ، جيه وآخرون. ترددات عالية من المتغيرات الهيكلية للببتيد إشارة نيوركسين 1 بيتا في مرضى التوحد. نيوروسسي. بادئة رسالة. 409, 10–13 (2006).

وايس ، إل إيه وآخرون. الارتباط بين الحذف الدقيق والتكرار الدقيق في الساعة 16p11.2 والتوحد. إنجل. جيه ميد. 358, 667–675 (2008).

Poliak، S. et al. Caspr2 ، وهو عضو جديد في عائلة neurexin الفائقة ، يتم ترجمته في تجاور المحاور النخاعية ويرتبط بقنوات K +. عصبون 24, 1037–1047 (1999).

شتراوس ، كاي وآخرون. الصرع البؤري المتنحي المصاحب للأعراض والطفرات المرتبطة بالبروتين المرتبط بالتلامس 2. إنجل. جيه ميد. 354, 1370–1377 (2006).

Bakkaloglu، B. et al. التحليل الوراثي الخلوي الجزيئي وإعادة ترتيب التلامس المرتبط بالبروتين الشبيه 2 في اضطرابات طيف التوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 82, 165–173 (2008).

Arking ، دي إي وآخرون. يزيد المتغير الجيني الشائع في CNTNAP2 من عائلة النيركسين من خطر الإصابة بالتوحد العائلي. أكون. جيه هوم. جينيه. 82, 160–164 (2008).

ألاركون ، إم وآخرون. تحدد تحليلات الارتباط والارتباط والتعبير الجيني CNTNAP2 كجين قابلية للتوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 82, 150–159 (2008).

أبراهامز ، ب.س وآخرون.تحليلات على مستوى الجينوم للنمط القشري الدماغي المحيط بالإنسان. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 104, 17849–17854 (2007).

سبات ، ج. وآخرون. تعدد الأشكال على نطاق واسع في الجينوم البشري. علم 305, 525–528 (2004).

Losh، M.، Childress، D.، Lam، K. & amp Piven، J. تحديد الملامح الرئيسية للنمط الظاهري لمرض التوحد الواسع: مقارنة بين آباء أسر التوحد متعددة الحالات وحيدة الإصابة. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 25 يوليو 2007 (دوى: 10.1002 / ajmg.b.30612).

كومار ، آر إيه وآخرون. الحذف الصغير المتكرر 16p11.2 في التوحد. همم. مول. جينيه. 17, 628–638 (2007). جنبًا إلى جنب مع المراجع 20 و 35 ، تسلط هذه الورقة الضوء على دور مهم للجينات في موضع 16p11 في نسبة كبيرة من حالات ASD.

Sadakata ، T. وآخرون. الأنماط الظاهرية الشبيهة بالتوحد في كادبس 2- ضرب الفئران و CADPS2 الشاذة في مرضى التوحد. J. كلين. استثمار. 117, 931–943 (2007).

بيلوسو ، جيه إم وآخرون. اضطراب جين CNTNAP2 في عائلة انتقالية (715) بدون أعراض متلازمة جيل دي لا توريت. يورو. جيه هوم. جينيه. 15, 711–713 (2007).

مارتن ، سي إل وآخرون. التوصيف الخلوي والجزيئي A2BP1 / FOX1 كجينة مرشح للتوحد. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 144, 869–876 (2007).

Laumonnier، F. et al. يرتبط التخلف العقلي المرتبط بـ X والتوحد بطفرة في NLGN4 الجين ، وهو عضو في عائلة نيوروليجين. أكون. جيه هوم. جينيه. 74, 552–557 (2004).

فريتاغ ، سي م. علم الوراثة لاضطرابات التوحد وأهميتها السريرية: مراجعة الأدبيات. مول. الطب النفسي 12, 2–22 (2007).

Badner، J.A & amp Gershon، E. S. يدعم التحليل التلوي الإقليمي للبيانات المنشورة ربط التوحد بالعلامات الموجودة على الكروموسوم 7. مول. الطب النفسي 7, 56–66 (2002).

كانتور ، آر إم وآخرون. تكرار ارتباط التوحد: رسم الخرائط الدقيقة في 17q21. أكون. جيه هوم. جينيه. 76, 1050–1056 (2005).

تريكالينوس ، ت. إيه وآخرون. تحليل تلوي لبحث الجينوم القائم على عدم التجانس لاضطرابات طيف التوحد. مول. الطب النفسي 11, 29–36 (2006).

جيسشويند ، دي إتش وآخرون. تبادل الموارد الجينية للتوحد: مورد لدراسة التوحد والحالات العصبية والنفسية ذات الصلة. أكون. جيه هوم. جينيه. 69, 463–466 (2001).

ستون ، جيه إل وآخرون. دليل على أليلات الخطر الخاصة بالجنس في اضطراب طيف التوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 75, 1117–1123 (2004). إلى جانب التحديد الواضح لمكان الخطر 17q ، يسلط هذا العمل الضوء على فائدة النظر إلى العائلات التي بها ذكور فقط متأثرون بشكل منفصل عن العائلات مع كل من الذكور والإناث المتضررين.

Molloy ، C. A. ، Keddache ، M. & amp Martin ، L.J. دليل على الارتباط في 21q و 7q في مجموعة فرعية من التوحد تتميز بالانحدار النمائي. مول. الطب النفسي 10, 741–746 (2005).

لامب ، جيه إيه وآخرون. تحليل مواقع قابلية التوحد IMGSAC: دليل على محدودية الجنس والآثار الخاصة بالوالدين. جيه ميد. جينيه. 42, 132–137 (2005).

Buxbaum ، J.D. وآخرون. دليل على وجود جينة حساسية للتوحد على الكروموسوم 2 والتغاير الجيني. أكون. جيه هوم. جينيه. 68, 1514–1520 (2001).

شاو ، واي وآخرون. يوفر التجانس المظهري دعمًا متزايدًا للارتباط بالكروموسوم 2 في اضطراب التوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 70, 1058–1061 (2002).

Buxbaum ، J.D. وآخرون. تحليل الارتباط لمرض التوحد في مجموعة فرعية من العائلات ذات السلوكيات الوسواسية القهرية: دليل على وجود جينة قابلية للتوحد على الكروموسوم 1 ودعم إضافي لجينات القابلية للإصابة على الكروموسوم 6 و 19. مول. الطب النفسي 9, 144–150 (2004).

Abrahams، B. S. & amp Geschwind، D.H in موسوعة علم الوراثة وعلم الجينوم والبروتيوميات والمعلوماتية الحيوية (محرران Dunn، M.J، Jorde، L.B، Little، P.FR & amp Subramaniam، S.) القسم 1.5، p1-12 (John Wiley & amp Sons، 2005).

Constantino، J.N & amp Todd، R.D. سمات التوحد في عموم السكان: دراسة مزدوجة. قوس. الجنرال الطب النفسي 60, 524–530 (2003).

Hoekstra، R. A.، Bartels، M.، Verweij، C.J & amp Boomsma، D. I. وراثة سمات التوحد في عموم السكان. قوس. بيدياتر. المراهق. ميد. 161, 372–377 (2007).

كسيبة ، أ.هـ وآخرون. تؤثر مواقع السمات الكمية على الكروموسومات 3 و 17 على الأنماط الظاهرية لمتلازمة التمثيل الغذائي. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 97, 14478–14483 (2000).

فرانك ، سي وآخرون. LRRTM1 الموجود على الكروموسوم 2p12 هو جين مكبوت من الناحية الأمومية يرتبط أبويًا بالفصام وانفصام الشخصية. مول. الطب النفسي (2007).

فيشر ، إس إي وآخرون. تحدد عمليات المسح المستقلة على مستوى الجينوم موضع الصبغي 18 الكمي الذي يؤثر على عسر القراءة. طبيعة الجينات. 30, 86–91 (2002).

آريا ، آر وآخرون. ارتباط تركيزات البروتين الدهني عالي الكثافة والكوليسترول بموضع على الكروموسوم 9p في الأمريكيين المكسيكيين. طبيعة الجينات. 30, 102–105 (2002).

مينزل ، إس وآخرون. يؤثر QTL المؤثر في إنتاج الخلايا F على جين يشفر بروتين إصبع الزنك على الكروموسوم 2p15. طبيعة الجينات. 39, 1197–1199 (2007).

Alarcon، M.، Yonan، A.L، Gilliam، T.C، Cantor، R.M & amp Geschwind، D.H. مول. الطب النفسي 10, 747–757 (2005).

دوفال ، جيه إيه وآخرون. تحليل موضع السمة الكمي للاستجابة الاجتماعية في أسر التوحد متعدد الإرسال. أكون. J. الطب النفسي 164, 656–662 (2007).

كامبل ، دي.بي وآخرون. يرتبط المتغير الجيني الذي يعطل النسخ MET بالتوحد. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 103, 16834–16839 (2006).

فيرلاند ، آر جيه وآخرون. تطور غير طبيعي في المخيخ وانكسار محور عصبي بسبب طفرات في AHI1 في متلازمة جوبيرت. طبيعة الجينات. 36, 1008–1013 (2004).

Stone، J.L، Merriman، B.، Cantor، R.M، Geschwind، D.H & amp Nelson، S.F. دراسة ارتباط SNP عالية الكثافة لمنطقة ارتباط التوحد الرئيسية على الكروموسوم 17. همم. مول. جينيه. 16, 704–715 (2007).

Salinger، W. L.، Ladrow، P. & amp Wheeler، C. النمط الظاهري السلوكي للفأر المتحولة البكرة: تأثيرات جرعة الجين RELN والعزلة الاجتماعية. Behav. نيوروسسي. 117, 1257–1275 (2003).

DeLorey، T.M، Sahbaie، P.، Hashemi، E.، Homanics، G.E & amp Clark، J.D. جبر 3 تُظهر الفئران التي تعاني من نقص الجينات سلوكيات اجتماعية واستكشافية ضعيفة ، وعجزًا في الانتباه غير الانتقائي ونقص تنسج الفصيصات الدماغية: نموذج محتمل لاضطراب طيف التوحد. Behav. Res الدماغ. 187, 207–220 (2008).

بورسيل ، إيه إي ، جيون ، أو إتش ، زيمرمان ، إيه دبليو ، بلو ، إم إي أند بيفسنر ، جي تشوهات الدماغ بعد الوفاة لنظام الناقل العصبي الغلوتامات في التوحد. علم الأعصاب 57, 1618–1628 (2001).

براون ، ف.آخرون. تحديد ميكروأري من mRNAs الدماغ المرتبطة FMRP وتغيير ملامح الترجعية mRNA في متلازمة X الهشة. زنزانة 107, 477–487 (2001).

بارون ، سي أ وآخرون. يكشف التنميط الجينومي والوظيفي لخطوط الخلايا المكونة من 15 كروموسومًا عن تغييرات تنظيمية في عمليات مسار يوبيكويتين-بروتيازوم المرتبطة بـ UBE3A. همم. مول. جينيه. 15, 853–869 (2006).

Hu ، V.W ، Frank ، B. C. ، Heine ، S. ، Lee ، N.H & amp Quackenbush ، J. علم الجينوم BMC 7, 118 (2006).

جريج ، ج.ب وآخرون. يتغير التعبير الجيني عند الأطفال المصابين بالتوحد. علم الجينوم 91, 22–29 (2007).

Bittel ، D.C ، Kibiryeva ، N. & amp Butler ، M.G. تحليل ميكروأري للجينوم الكامل للتعبير الجيني في الأشخاص الذين يعانون من متلازمة X الهشة. جينيه. ميد. 9, 464–472 (2007).

Bittel، D.C، Kibiryeva، N. & amp Butler، M.G. التعبير عن 4 جينات بين كروموسوم 15 نقطة توقف 1 و 2 والنتائج السلوكية في متلازمة برادر ويلي. طب الأطفال 118، e1276-e1283 (2006).

مايرز ، أ.جيه وآخرون. مسح التعبير الجيني القشري البشري الجيني. طبيعة الجينات. 39, 1494–1499 (2007).

Krauthammer، M.، Kaufmann، C. A.، Gilliam، T.C & amp Rzhetsky، A. التثليث الجزيئي: سد الروابط ومعلومات الشبكة الجزيئية لتحديد الجينات المرشحة في مرض الزهايمر. بروك. ناتل أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية 101, 15148–15153 (2004).

آيرتس ، إس وآخرون. تحديد أولويات الجينات من خلال دمج البيانات الجينومية. Nature Biotechnol. 24, 537–544 (2006).

جلاسون ، إي جيه وآخرون. عوامل الفترة المحيطة بالولادة وتطور التوحد: دراسة سكانية. قوس. الجنرال الطب النفسي 61, 618–627 (2004).

Reichenberg، A. et al. التقدم في سن الأب والتوحد. قوس. الجنرال الطب النفسي 63, 1026–1032 (2006).

جيانغ ، واي إتش وآخرون. نموذج جيني / جيني مختلط للوراثة قليلة التولد للتوحد مع دور محدود لـ UBE3A. أكون. جيه ميد. جينيه. أ 131, 1–10 (2004).

Hogart، A.، Nagarajan، R.P، Patzel، K.A، Yasui، D.H & amp Lasalle، J.M 15q11–13 يتم التعبير عن جينات مستقبلات GABAA بشكل ثنائي في الدماغ لكنها تخضع لخلل في التنظيم اللاجيني في اضطرابات طيف التوحد. همم. مول. جينيه. 16, 691–703 (2007). تؤكد هذه النتائج على فكرة أن الآليات الكامنة وراء اضطرابات طيف التوحد يمكن أن تكون أكثر تعقيدًا مما يُقدَّر عادةً بالإضافة إلى التغييرات في المستويات المطلقة للتعبير الجيني ، ويوضح المؤلفون أن التعبير النسبي لأليلات GABAA الأبوية قد تغير في ASDs ، مما يدل على دور للطبع.

Bear ، M.F ، Huber ، K.M & amp Warren ، S. T. نظرية mGluR للتخلف العقلي الهش X. الاتجاهات العصبية. 27, 370–377 (2004).

Dolen ، G. et al. تصحيح متلازمة X الهشة في الفئران. عصبون 56, 955–962 (2007).

Chugani ، D.C.Serotonin في التوحد وصرع الأطفال. مينت. يؤخر. ديف. إعاقة. الدقة. القس. 10, 112–116 (2004).

Krey ، J.F & amp Dolmetsch ، R.E. الآليات الجزيئية للتوحد: دور محتمل لإشارات Ca 2+. بالعملة. رأي. نيوروبيول. 17, 112–119 (2007).

هربرت ، إم آر وآخرون. عدم تناسق الدماغ في التوحد واضطراب اللغة التنموي: تحليل كامل للدماغ متداخل. مخ 128, 213–226 (2005).

دابريتو ، إم وآخرون. فهم العواطف في الآخرين: ضعف الخلايا العصبية المرآتية لدى الأطفال الذين يعانون من اضطرابات طيف التوحد. طبيعة الأعصاب. 9, 28–30 (2006).

بيلي ، إيه وآخرون. دراسة إكلينيكية لمرض التوحد. مخ 121, 889–905 (1998).

Courchesne، E.، Carper، R. & amp Akshoomoff، N. دليل على فرط نمو الدماغ في السنة الأولى من حياة التوحد. جاما 290, 337–344 (2003).

Mundy ، P. حاشية: الأساس العصبي للضعف الاجتماعي في التوحد: دور القشرة الظهرية الوسطى الأمامية والجهاز الحزامي الأمامي. J. الطفل النفسية. الطب النفسي 44, 793–809 (2003).

تيرني ، إي وآخرون. تشوهات استقلاب الكوليسترول في اضطرابات طيف التوحد. أكون. جيه ميد. جينيه. ب جينات نيوروبسيتشياتر. 141, 666–668 (2006).

Knickmeyer ، R.C & amp Baron-Cohen ، S. التستوستيرون الجنيني والاختلافات بين الجنسين في التطور الاجتماعي النموذجي والتوحد. J. الطفل Neurol. 21, 825–845 (2006).

Vargas ، D.L ، Nascimbene ، C. ، Krishnan ، C. ، Zimmerman ، A. W. & amp Pardo ، C. A. تنشيط Neuroglial والتهاب الأعصاب في دماغ مرضى التوحد. آن. نيورول. 57, 67–81 (2005).

كوك ، إي إتش جونيور ، وآخرون. التوحد أو التوحد غير النمطي في الازدواج القريب 15q الأمومي ولكن ليس الأبوي. أكون. جيه هوم. جينيه. 60, 928–934 (1997).

ماتسورا ، ت. وآخرون. من جديد طفرات مبتورة في جين ليجيز بروتين يوبيكويتين E6-AP (UBE3A) في متلازمة أنجلمان. طبيعة الجينات. 15, 74–77 (1997).

بيترز ، إس يو ، بيوديت ، إيه إل ، مادوري ، إن آند أمبير باتشينو ، سي أ.التوحد في متلازمة أنجلمان: الآثار المترتبة على أبحاث التوحد. كلين. جينيه. 66, 530–536 (2004).

مانينغ ، إم إيه وآخرون. متلازمة حذف المحطة 22q: سبب معترف به حديثًا لإعاقة الكلام واللغة في طيف التوحد. طب الأطفال 114, 451–457 (2004).

هاتون ، دي دي وآخرون. سلوك التوحد عند الأطفال المصابين بمتلازمة X الهشة: انتشار واستقرار وتأثير FMRP. أكون. جيه ميد. جينيه. أ. 140, 1804–1813 (2006).

Ozonoff ، S. ، Williams ، B. J. ، Gale ، S. & amp Miller ، J.N. التوحد وسلوك التوحد في متلازمة جوبيرت. J. الطفل Neurol. 14, 636–641 (1999).

Potocki، L. et al. توصيف متلازمة Potocki-Lupski (دوب (17) (ص 11.2p11.2)) وتحديد الفترة الحرجة الحساسة للجرعة والتي يمكن أن تنقل النمط الظاهري للتوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 80, 633–649 (2007).

تيرني ، إي وآخرون. النمط الظاهري للسلوك في متلازمة RSH / Smith – Lemli – Opitz. أكون. جيه ميد. جينيه. 98, 191–200 (2001).

أمير ، ر. إي وآخرون. تحدث متلازمة ريت بسبب طفرات في المرتبط بالكروموسوم X MECP2، ترميز بروتين ربط الميثيل CpG 2. طبيعة الجينات. 23, 185–188 (1999).

Baker، P.، Piven، J. & amp Sato، Y. التوحد والتصلب الدرني المركب: الانتشار والمظاهر السريرية. J. التوحد ديف. ديسورد. 28, 279–285 (1998).

الدراسة الجينية الجزيئية الدولية لاتحاد التوحد. شاشة كاملة للجينوم لمرض التوحد مع دليل على الارتباط بمنطقة على الكروموسوم 7q. همم. مول. جينيه. 7, 571–578 (1998).

الدراسة الجينية الجزيئية الدولية لاتحاد التوحد. شاشة على مستوى الجينوم للتوحد: دليل قوي على الارتباط بالكروموسومات 2q و 7q و 16 p. أكون. جيه هوم. جينيه. 69, 570–581 (2001).

الدراسة الجينية الجزيئية الدولية لاتحاد التوحد. مزيد من التوصيف لقابلية التوحد موضع AUTS1 على الكروموسوم 7q. همم. مول. جينيه. 10, 973–982 (2001).

كوك ، إي إتش الابن ، وآخرون. رسم خرائط عدم توازن الارتباط لاضطراب التوحد ، مع علامات 15q11-13. أكون. جيه هوم. جينيه. 62, 1077–1083 (1998).

Buxbaum ، J.D. وآخرون. الرابطة بين أ جبر 3 تعدد الأشكال والتوحد. مول. الطب النفسي 7, 311–316 (2002).

Ylisaukko-Oja، T. et al. ابحث عن مواقع التوحد عن طريق التحليل المشترك لتبادل الموارد الوراثية للتوحد والعائلات الفنلندية. آن. نيورول. 59, 145–155 (2006).

بيرسيكو ، إيه إم وآخرون. الأليلات الجينية Reelin والأنماط الفردانية كعامل يؤهب لاضطراب التوحد. مول. الطب النفسي 6, 150–159 (2001).

بونورا ، إي وآخرون. تحليل ريلين كجين مرشح للتوحد. مول. الطب النفسي 8, 885–892 (2003).

سكار ، دي إيه وآخرون. تحليل ريلن الجين كعامل خطر وراثي للتوحد. مول. الطب النفسي 10, 563–571 (2005).

Serajee ، F. J. ، Zhong ، H. & amp Mahbubul Huq ، A. H. Association of reelin gene polymorphisms with autism. علم الجينوم 87, 75–83 (2006).

لي ، هـ وآخرون. تحليل الارتباط بين جينات RELN و GRM8 مع اضطراب طيف التوحد في سكان الهان الصينيين. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 147, 194–200 (2007).

كيلبينن ، هـ وآخرون. جمعية قرص 1 مع مرض التوحد ومتلازمة أسبرجر. مول. الطب النفسي 13, 187–196 (2007).

كامبل ، دي.بي وآخرون. اضطراب قشرة الدماغ MET في اضطراب طيف التوحد. آن. نيورول. 62, 243–250 (2007).

راموز ، ن. وآخرون. الارتباط والارتباط بين الجين SLC25A12 الناقل للأسبارتات / الغلوتامات في الميتوكوندريا المصاب بالتوحد. أكون. J. الطب النفسي 161, 662–669 (2004).

سيلفرمان ، جيه إم وآخرون. الإجراءات والطقوس المتعلقة بالتوحد المرتبطة بتعدد الأشكال في الميتوكوندريا أسبارتات / غلوتامات SLC25A12. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 147, 408–410 (2007).

سيجورادو ، ر. وآخرون. تأكيد الارتباط بين التوحد وحامل الأسبارتات / الغلوتامات في الميتوكوندريا SLC25A12 الجين على الكروموسوم 2q31. أكون. J. الطب النفسي 162, 2182–2184 (2005).

وو ، إس وآخرون. الارتباط الإيجابي لجين مستقبل الأوكسيتوسين (OXTR) المصابين بالتوحد في سكان الهان الصينيين. بيول. الطب النفسي 58, 74–77 (2005).

ليرر ، إي وآخرون. الارتباط بين مستقبلات الأوكسيتوسين (OXTR) الجين والتوحد: العلاقة مع مقياس فينلاند للسلوك التكيفي والإدراك. مول. الطب النفسي 25 سبتمبر 2007 (دوى: 10.1038 / sj.mp.4002087).

Gharani، N.، Benayed، R.، Mancuso، V.، Brzustowicz، L.M & amp Millonig، J.H Association of the homeobox transcription factor ، إنجلد 2 ، 3، مع اضطراب طيف التوحد. مول. الطب النفسي 9, 474–484 (2004).

بنايد ، ر. وآخرون. دعم جين عامل النسخ المتماثل نخرط 2 كموقع حساسية لاضطراب طيف التوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 77, 851–868 (2005).

كيم ، س.جيه وآخرون. رسم خرائط عدم توازن الإرسال في منطقة جين ناقل السيروتونين (SLC6A4) في اضطراب التوحد. مول. الطب النفسي 7, 278–288 (2002).

ديفلين ، ب. وآخرون. التوحد وناقل السيروتونين: طويل وقصير. مول. الطب النفسي 10, 1110–1116 (2005).

واسينك ، تي إتش وآخرون. فرط نمو المادة الرمادية القشرية الدماغية والتباين الوظيفي لجين ناقل السيروتونين في التوحد. قوس. الجنرال الطب النفسي 64, 709–717 (2007).

ساتكليف ، J. S. وآخرون. عدم التجانس الأليلي في موضع ناقل السيروتونين (SLC6A4) يضفي القابلية على التوحد والسلوكيات القهرية الصارمة. أكون. جيه هوم. جينيه. 77, 265–279 (2005).

يونان ، أ. ل. وآخرون. شاشة على مستوى الجينوم لـ 345 عائلة لمواقع القابلية للتوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 73, 886–897 (2003).

وايس ، إل إيه وآخرون. الاختلاف في ITGB3 يرتبط بمستوى السيروتونين في الدم الكامل وقابلية التوحد. يورو. جيه هوم. جينيه. 14, 923–931 (2006).

كوتينهو ، إيه إم وآخرون. دليل على epistasis بين SLC6A4 و ITGB3 في مسببات التوحد وفي تحديد مستويات السيروتونين في الصفائح الدموية. همم. جينيه. 121, 243–256 (2007).

أورانين ، إم وآخرون. شاشة على مستوى الجينوم لاضطرابات طيف التوحد: دليل على موضع القابلية الرئيسية على الكروموسوم 3q25–27 أكون. جيه هوم. جينيه. 71, 777–790 (2002).

كون ، هـ وآخرون. دليل على الارتباط بالكروموسوم 3q25–27 في نسب طويلة من التوحد. همم. هيريد. 60, 220–226 (2005).

ليو ، جيه وآخرون. شاشة على مستوى الجينوم لمواقع القابلية للتوحد. أكون. جيه هوم. جينيه. 69, 327–340 (2001).

بتلر ، إم جي وآخرون. مجموعة فرعية من الأفراد الذين يعانون من اضطرابات طيف التوحد وكبر الرأس الشديد المرتبط بالطفرات الجينية الكابتة للورم PTEN. جيه ميد. جينيه. 42, 318–321 (2005).

Bonaglia ، M.C et al. يرتبط اضطراب جين ProSAP2 في a t (1222) (q24.1q13.3) بمتلازمة حذف 22q13.3. أكون. جيه هوم. جينيه. 69, 261–268 (2001).

ويلسون ، إتش إل وآخرون. يدعم التوصيف الجزيئي لمتلازمة الحذف 22q13 دور عدم كفاية الفردانية SHANK3 / PROSAP2 في الأعراض العصبية الرئيسية. جيه ميد. جينيه. 40, 575–584 (2003).

Jamain، S. et al. الارتباط والارتباط بين جين مستقبل الجلوتامات 6 بالتوحد. مول. الطب النفسي 7, 302–310 (2002).

شوانغ ، إم وآخرون. دراسة الارتباط القائم على الأسرة بين جين التوحد ومستقبل الجلوتامات 6 في ثلاثية هان الصينية. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 131, 48–50 (2004).

Kim، S. A.، Kim، J.H، Park، M.، Cho، I.H & amp Yoo، H. J. دراسة الارتباط القائم على الأسرة بين تعدد الأشكال GRIK2 واضطرابات طيف التوحد في الثلاثيات الكورية. نيوروسسي. الدقة. 58, 332–335 (2007).

يرميا ، ن. وآخرون. الارتباط بين مستقبل أرجينين فازوبريسين 1 أ (AVPR1a) الجين والتوحد في دراسة أسرية: الوساطة من خلال مهارات التنشئة الاجتماعية. مول. الطب النفسي 11, 488–494 (2006).

بيلي ، دي بي جونيور ، وآخرون. سلوك التوحد عند الأولاد الصغار المصابين بمتلازمة إكس الهش. ج. تطوير التوحد. ديسورد. 28, 499–508 (1998).

ما ، د. كيو وآخرون. تشريح عدم تجانس موضع التوحد: ارتباط كبير بالكروموسوم 12q14. مول. الطب النفسي 12, 376–384 (2007).

Ylisaukko-oja، T. et al. مسح الجينوم على نطاق واسع لمواقع متلازمة أسبرجر. مول. الطب النفسي 9, 161–168 (2004).

وانج ، ل. وآخرون. جمعية إنجريدد 2 (EN2) الجين المصاب بالتوحد في سكان الهان الصينيين. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 19 أكتوبر 2007 (دوى: 10.1002 / ajmg.b.30623).

برون ، سي دبليو وآخرون. ارتباط غير متجانس بين engrailed-2 والتوحد في شبكة CPEA. أكون. جيه ميد. جينيه. ب نيوروبسيتشياتر. جينيه. 19 أكتوبر 2007 (دوى: 10.1002 / ajmg.b.30585).


معلومة اضافية

مساهمات المؤلفين

قامت IW بتصميم وتدريب واختبار تنبؤات خرائط الاتصال والمسافة. صمم DB معيد بناء C αيتتبع وأجرى تجارب إعادة الإعمار. ساعدت AJMM في تحديد المشكلة وتصميم المجموعة وتحليل CASP7. قام CM ببناء مجموعات التدريب والاختبار ، وخط الأنابيب للكشف عن التنادد وتحليل جزء من النتائج. ساهمت AV و GP في التصميم والأفكار التجريبية لجميع المراحل. طورت GP فكرة الخوارزمية الأساسية لدمج القوالب. ساهم جميع المؤلفين في المخطوطة واعتماد محتوياتها.


تعليقات المراجعين

تقرير المراجع 1: ألكسندر كيل ، جينيكسبلين ، ألمانيا

تعليقات المراجعين

في هذه الورقة ، نجح المؤلفون في وضع تعليقات توضيحية على جينوم نخيل الزيت بتعليقات توضيحية عالية الجودة لأكثر من 26 ألف جين. من المستجدات المهمة في هذا النهج تطبيق خطي أنابيب مستقلين للتنبؤ بالجينات هما Fgenesh ++ و Seqping وهما أفضل ما يكون متاحًا ، على الأقل لجينومات النبات.يتم الجمع بين التنبؤ الجيني والعديد من سطور الأدلة الإضافية ، وتطبيق عدد كبير من الأدوات المختلفة ، مما يجعلها مبادرة شرح الجينوم عالية الجودة. من المهم جدًا أن المؤلفين جمعوا الجهود الحسابية البحتة مع تحليل النسخ التجريبية (باستخدام RNA-seq) مما ساعدهم على أداء شرح جيني أفضل كما يوفر أيضًا إمكانية إضافية للتفسير الوظيفي للنتائج. باختصار ، أوصي بهذه المخطوطة للنشر السريع ، والتي ستوفر للمجتمع مصدرًا ثريًا جديدًا لتحليل هذه الجينوم المهم جدًا.

1) يجب وصف بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي الخاصة بالأنسجة (من MPOB) المستخدمة في الورقة بشكل أفضل. من الناحية المثالية في قسم منفصل.

رد المؤلف: نشكر المراجع على الاقتراح اللطيف وأضفنا قائمة مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبي في ملف إضافي 1 .

2) يجب أيضًا وصف قواعد التكامل بين نتائج خطي الأنابيب المستخدمين بشكل أفضل قليلاً. الجدول 2 مربك بعض الشيء. ربما يكون من المفيد للقارئ استخدام مثال على نماذج جينية متداخلة قادمة من أداتين مختلفتين.

رد المؤلف: لدمج خطوط الأنابيب ، نظرنا إلى مجموعات الجينات ذات التداخل المستمر داخل الكتلة بنسب مختلفة من الطول. يتداخل كل جين في الكتلة مع جين واحد آخر على الأقل من الكتلة عند عتبة تداخل معينة (نهج الارتباط الفردي). تم استبعاد تنبؤات ORF مع & lt 300 نيوكليوتيد. اختبرنا عتبات تداخل مختلفة من 60٪ إلى 95٪ بزيادات قدرها 5٪ ، كما هو مبين في الشكل. 2 . تعتبر نماذج الجينات من نفس الشريط المتوقع من خطي الأنابيب تنتمي إلى نفس المكان إذا كانت النماذج الجينية داخل الموضع تتداخل عند العتبة المحددة مع جين آخر على الأقل في الموقع. في موضع ما ، يمكن أن تتداخل النماذج الجينية في مناطق مختلفة كما هو موضح في ملف إضافي 3 : الشكل S1a. النماذج الجينية التي لا تلبي عتبة التداخل ستشكل مجموعات مختلفة من الجينات (ملف إضافي 3 : الشكل S1B). تم اختيار التداخل بنسبة 85 ٪ كأفضل عتبة ، حيث كان معدل الزيادة في عدد مواقع الجين الفردي أعلى بعد مستوى العتبة هذا. تم اختيار نموذج الجين التمثيلي لكل موضع بناءً على نموذج الجينات بأقل مقارنة للقيمة الإلكترونية مع RefSeq في الموقع المعني. يتم وصف تفاصيل كيفية اختيار نماذج الجينات التمثيلية في قسم الأساليب (السطر 246-263).

3) بخصوص الجينات الأقل إنترون (IG). أعتقد أن هناك حاجة إلى مزيد من التفسيرات للقول بأن جينات IG هي في الواقع جينات "عاملة" في الجينوم ، ولكنها ليست جينات زائفة محتملة. كما يمكننا أن نرى من الجدول 1 ، فإن جزءًا بسيطًا فقط من الجينات المتوقعة حصل على دليل من الترانسكريبتوميكس و RefSeq على أنه تم نسخها بالفعل. ما هو جزء جينات IG التي حصلت على مثل هذه الأدلة؟

رد المؤلف: نشأت جينات IG التي تم تمييزها في المخطوطة من 26.059 نموذجًا جينيًا تمثيليًا مع كل من أدلة النسخ RefSeq ونخيل الزيت. هم من مجموعة فرعية "عالية الثقة" لجميع الجينات الواردة في رسم بياني 1 . هذا مذكور أيضًا في السطر 358-360. تم تغيير الجدول 1 إلى مخطط تدفق (رسم بياني 1 ) لتحسين الوضوح.

تقرير المراجع 2: إيغور روجوزين ، المعاهد الوطنية للصحة ، الولايات المتحدة الأمريكية

تعليقات المراجعين

تصف الورقة تعليقًا توضيحيًا جديدًا لـ 26،059 جينًا من جينات نخيل الزيت باستخدام خطي أنابيب مستقلين للتنبؤ بالجينات ، وهما Fgenesh ++ و Seqping. حدد المؤلفون 42 جينًا رئيسيًا تشارك في التخليق الحيوي FA في نخيل الزيت. بالنسبة لثلاثة من هذه الجينات ، وهي EgFABF و EgFABH و EgFAD3 ، تم الكشف عن أحداث الازدواجية الأخيرة.

1) سأعرف GC3 في الملخص.

رد المؤلف: وصف GC 3 تمت إضافته إلى الملخص (السطر 109).

2) "مع ذيل ثقيل من GC عالية3 المناطق التي تأوي العديد من الجينات intronless والمتعلقة بالإجهاد. "هل هذه النتيجة مدعومة باختبار (اختبارات) إحصائية؟

رد المؤلف: تمت إضافة نص إضافي في GC 3 (السطر 442-443) وتحليل GO (السطر 415-423) لمعالجة هذه المشكلة. 36 ٪ من الجينات intronless كانت GC 3 - أظهر تحليل GO أن هناك تمثيلات أعلى للجينات المرتبطة بالإجهاد في GC 3 - مجموعة جينات غنية مقارنة بجميع جينات نخيل الزيت.

3) "يشير تحليلنا إلى أن التخليق الحيوي لـ de novo FA في ميزوكارب ونواة زيت النخيل مدفوع أساسًا بـ EgFAB2_1." لست متأكدًا من أن المؤلفين لديهم دعم كافٍ لهذا البيان. ربما فاتني شيء.

رد المؤلف: نحن نتفق مع المراجع وقمنا بإزالة البيان. في قسم النتائج ، تم إدراج الجين على أنه "النسخة السائدة من جين FAB2 ، وهو مسؤول إلى حد كبير عن تحويل C18: 0-ACP إلى C18: 1-ACP في التخليق الحيوي de novo FA في نخيل الزيت والنواة" مثل لديها أعلى تعبير في كلا الأنسجة. نشكر المراجع على تعليقاته.

4) الاستنتاجات في الملخص تبدو عامة للغاية: ". مع توفير الأساس النظري للتربية بمساعدة الواسمات لهذا المحصول المهم عالميًا". قد يحاول المؤلفون جعل هذا القسم أكثر تحديدًا.

رد المؤلف: نحن ممتنون للمراجع لتوصياته وقد قمنا بتحرير قسم الاستنتاجات في الملخص لتعكس المخطوطة بشكل أفضل.

تقرير المراجع 3: فلاديمير أ. كوزنتسوف ، معهد المعلوماتية الحيوية ، سنغافورة

تعليقات المراجعين

في هذه الدراسة ، طور المؤلفون إطارًا متكاملًا لاكتشاف الجينات وطبقوه لتحديد نماذج جينات زيت نخيل الزيت عالية الجودة باستخدام مجموعة سقالة pisifera والجمع بين خطوط أنابيب رسم الخرائط. تم اختيار أفضل نموذج جيني لكل موضع لإنشاء مجموعة جينية تمثيلية "ثقة عالية". تقدم هذه الورقة تعريفًا وتوصيفًا لمجموعة "الثقة العالية" المكونة من 26.059 جينًا من جينات نخيل الزيت التي لها دعم النسخ و RefSeq ، ومدعومة بتحليل المعلومات الحيوية للجينات. تتضمن الدراسة علم الجينوم المقارن والتحليلات المنتظمة للمعلومات الحيوية والاختبارات الإحصائية وقاعدة البيانات الجديدة. إنها دراسة جيدة التصميم ومثيرة للاهتمام. ومع ذلك ، يجب توضيح وتحسين العديد من البيانات الهامة والنتائج وتفسيرها.

1) أقترح مراجعة الملخص. خلفية. استبدل جملة مقدمة شائعة "أدى ظهور تقنية تسلسل الحمض النووي السريع وغير المكلف إلى سيل من البيانات التي تنتظر أن تتحول إلى رؤى قيمة حول تنظيم الجينوم ووظيفته. نقطة البداية النموذجية لتحليل الجينوم هي ، عادةً ، التعليق التوضيحي "على مشكلة (مشاكل) علمية أكثر تحديدًا في بيولوجيا جينوم زيت النخيل (على سبيل المثال ، شرح جيني دقيق) ومواءمة الطرق والنتائج لاحتياجات صناعة زيت النخيل (الزيت الغلة والجودة) و / أو الكفاءة الاقتصادية للصناعة. "تقدم هذه الورقة دراسة عن جينوم زيت النخيل ، بما في ذلك تحليل الجينوم المقارن ، جنبًا إلى جنب مع تطوير قاعدة البيانات ذات الصلة و & lt bioinformatics & gt tools." معلومات قسم الأسلوب غير موجودة. النتائج: الجملة "يشير تحليلنا إلى أن التخليق الحيوي لـ de novo FA في ميزوكارب ونواة نخيل الزيت مدفوع أساسًا بـ EgFAB2_1." قوي جدًا بالنسبة لورقة المعلوماتية الحيوية. الاستنتاجات. الاستنتاج هو أسبوع وغير محدد. إن عبارة "دراسة جينوم زيت النخيل سيسهل فهمًا أكبر لتنظيمه الوراثي" ليست نتيجة رئيسية لهذه الدراسة. عبارة "توفير الأساس النظري" ليست صحيحة في سياق أهداف هذه الدراسة.

رد المؤلف: نتفق مع المراجع وقمنا بتحرير الملخص. تم تغيير قسم الخلفية لتوفير بعض المعلومات عن زيت النخيل وأسباب الدراسة. على الرغم من عدم وجود قسم للطرق ، والذي يتماشى مع متطلبات المجلة ، فقد تم دمج الطرق المستخدمة في قسم النتائج. نحن نتفق مع المراجعين على أن بيان EgFAB2_1 قوي جدًا وقد أزلناه. كما تم تحرير الاستنتاجات لتعكس المخطوطة بشكل أفضل.

2) يجب تضمين معلومات حول قاعدة البيانات في أقسام الطريقة / النتيجة.

رد المؤلف: تتوفر معلومات حول كيفية الوصول إلى قاعدة البيانات في قسم الإعلان. لقد أضفنا أيضًا هذه المعلومات في قسم الملخص. تمت أيضًا إضافة معلومات حول قاعدة البيانات إلى قسم النتائج (السطر 360-364) و ملف إضافي 4 .

3) يجب تلخيص ثلاث إلى أربع نتائج رئيسية في الاستنتاج.

رد المؤلف: نشكر المراجع على التعليق البناء وقمنا بتحرير قسم الاستنتاجات في الملخص لتعكس المخطوطة بشكل أفضل.

4) مقدمة الأهداف: يجب أن تحدد بشكل أفضل هدفًا ورؤية مشكلة. على سبيل المثال ، قد تكون أهداف مجمع البرنامج وقاعدة البيانات: 1. تطوير نظام مرجعي / شرح جيني عالي المستوى لتحليل جينوم زيت النخيل. 2. لرسم خريطة الجينات وإشارات / تسلسلات الحمض النووي التنظيمية المرتبطة بالسمات الزراعية الهامة. 3. لتطوير واستخدام معلومات الجينوم لحل المرض ومقاومة الإجهاد مع زيادة الإنتاجية.

رد المؤلف: تم تعديل الفقرة الأخيرة من قسم المقدمة لتعكس بشكل أفضل أهداف المشروع.

5) الطرق يجب تضمين سير العمل لطريقة التنبؤ الجيني وتحليل البيانات.

رد المؤلف: لقد قمنا بتحسين قسم الأساليب لتقديم مزيد من التفاصيل عن العمليات المستخدمة وإضافة مخطط انسيابي لخط الأنابيب. يتم وصف تفاصيل التنبؤ الجيني في قسم الأساليب تحت العناوين "Fgenesh ++ Gene Prediction" و "Seqping Gene Prediction". يتم وصف عمليات دمج النماذج الجينية من كلا خطي الأنابيب في قسم "تكامل Fgenesh ++ و Seqping Gene Predencies".

6) قاعدة البيانات. في الواقع ، لم تستخدم قاعدة بياناتك لدعم النتائج. يجب أن تكون قاعدة البيانات جزءًا أكثر أهمية من عملك ، ليتم وصفها واستخدامها بنشاط في الدراسة. يمكنك تقديم الشكل (الأشكال) الذي يوضح واجهة الويب وإضافة معلومات تعليمات / تعليقات سهلة الاستخدام. يمكن لبعض الأمثلة (الشكل (الأشكال)) للمسارات المفيدة التي تدعم العبارات الرئيسية (الجينات المهمة والجديدة المعروفة ، والمسارات المشتركة لنماذج الجينات وبيانات النسخ والإشارات التنظيمية الرئيسية وما إلى ذلك) أن تجعل هذه الدراسة أكثر إثارة للاهتمام وجاذبية.

رد المؤلف: قاعدة البيانات ، PalmXplore هي نظام قاعدة بيانات متكامل يسمح للباحثين بالبحث عن المعلومات الجينية لزيت النخيل واسترجاعها وتصفحها والتعليقات التوضيحية الوظيفية المرتبطة بها باستخدام واجهة ملائمة وقاعدة بيانات سريعة في النهاية الخلفية. تم تطويره كأداة للباحثين للبحث بسهولة والوصول إلى نتائج هذه الدراسة. يتوفر عنوان URL الخاص بقاعدة البيانات في قسم الملخص والإعلان. لقد أضفنا أيضًا معلومات إضافية حول قاعدة البيانات في قسم النتائج (السطر 360-364) و ملف إضافي 4 .

7) ص 8-9 قضايا التكاثر والتوافر: يجب أن تتوفر معلومات حول مجموعة الجينات "عالية الثقة" ، وإحداثيات الكروموسوم لهذه الجينات في الجدول الرئيسي (الجديد). يمكن أن تكون المعلومات حول بنية الجينات والشروح الموضحة للجينات intronless ، اثنين أو أكثر من الجينات exons مفيدة للدراسات المستقبلية. p.11 "جميع الجينات حسب محتوى GC3 الخاص بها وتعيين أعلى 10٪ (2،605 ORFs) على أنها غنية GC3 (GC3≥0.75) ، والقاع 10٪ على أنها GC3 فقيرة (GC3≤0.37)." تعد إمكانية استنساخ البيانات / النتائج الرئيسية وإمكانية الوصول إليها مسألة مهمة. هل يمكنك تضمين بيانات الجدول الرئيسي (الجديدة) لـ 2605 ORFs مع عرض واضح لخصائص GC3 الغنية والفقيرة GC3 وخصائص انحراف GC للجينات / الأشكال الإسوية للنسخ ، مع تحديد جينات exon الأقل ومتعددة ، UTRs ، مواقع exon و intron؟ يجب أيضًا تحديث قاعدة البيانات وفقًا لذلك. سيكون ملف المساعدة المتضمن وإحصائيات موجزة وبعض الأمثلة موضع تقدير كبير.

رد المؤلف: لقد قمنا بتضمين جدول في ملف إضافي 1 . موقع الجينات وهيكلها متاحان في قاعدة بيانات PalmXplore. تم تضمين عنوان URL لقاعدة البيانات في المخطوطة.

8) ص. 11 والشكل 3. "على الرغم من العدد الصغير نسبيًا للجينات الغنية بالـ GC3 في جينوم نخيل الزيت ، هناك أنماط مميزة للتدرجات الموضعية (الشكل 3 ج و د) بالقرب من البداية المتوقعة للترجمة ...". لا يوفر الشكلان 3 ج و د معلومات حول توزيع تردد GC3 في مناطق المنبع أو المصب في موقع بدء النسخ (TSS). يجب عليك إنشاء وظيفة توزيع التردد هذه باستخدام بيانات تسلسل انحراف GC لـ TSS للجينات المشروحة ذات الأهمية.

رد المؤلف: GC3 هو تردد السيتوزينات والجوانين في الموضع الثالث من الكودون. لذلك فهي تستخدم فقط لتحديد مستويات السيتوزينات والجوانين في مناطق الترميز. تركز المخطوطة الحالية على توليد وتوصيف وتعليق نماذج جينية عالية الجودة أو المناطق الجينية لجينوم نخيل الزيت. على الرغم من أننا نتفق على أن توصيف منطقة المروج أمر مهم ، إلا أنه ليس ضمن النطاق الحالي للمخطوطة. نحن نعمل حاليًا على أفضل طريقة للتنبؤ بمناطق TSS ومناطق المروج بدقة.

9) ص 11 والشكل. 3d CG3 الانحدار على طول إطارات القراءة المفتوحة لجينات GC3 الغنية والفقيرة. يُظهر المحور Y درجة انحراف CG المحسوبة بواسطة Eq. انحراف CG = (C-G) / (C + G). ومع ذلك ، في النص الرئيسي لم يتم تقديم هذه الصيغة ومناقشتها بدلاً من ذلك ، تم تقديم ومناقشة CG3-skew = (C3-G3) / (C3 + G3) ، حيث لم يتم تعريف C3 و G3. يرجى التوضيح وإجراء التصحيحات المناسبة.

رد المؤلف: نشكر المراجع على التعليق. حدث خطأ مطبعي في المحور ص لـ تين. 3 (حاليا الشكل 4 ) وقد تم تصحيحه. التين. 3d (حاليا الشكل 4 د ) الآن يظهر انحراف CG3. لقد أضفنا أيضًا شرحًا في وسيلة إيضاح الشكل.

10) ص .11 تحليل محتويات GC وخصائص انحراف GC في exons ليست كافية لوصف الإشارات التنظيمية والتعقيد البيولوجي للجينات على مقياس الجينوم والنسخة. لتحديد الإشارات التنظيمية للجينات ، خاصة لبدء النسخ وإنهائه ، من المهم تحليل مناطق انحراف GC والتجمعات الغنية بـ G في مناطق المروج القريبة للجين ، وجسم الجين ، ومنطقة الجين المصب (ليس فقط exons). يمكن أن توفر هذه الأنواع من الإشارات تنظيمًا محددًا للتعبير الجيني يرتبط غالبًا بتسلسلات تكوين حلقة R النسخية. لقد ثبت أن هياكل تكوين حلقة R (RLFS) يمكن تحديدها / توقعها بشكل موثوق بواسطة أداة QmRRFS [Wongsurawat et al.، NAR، 2012 Jenjaroenpun et al.، NAR، 20،015] ، مع توقع تسلسل RLFS داخل الجين القريب المناطق والجسم الجيني بدقة 90-92٪. عند تعيين بيانات RLFS ، يمكنك زيادة قوة وخصوصية النماذج الجينية. يمكن أن يوفر هذا التحليل روابط نماذج الجينات مع الإشارات التنظيمية الرئيسية المتعلقة ببدء النسخ ، ومواقع إيقاف البوليميراز المؤقت ، والبدايات البديلة وتباينات اللصق ، ومناطق الكروماتين المفتوحة ، والمناطق الحرجة للمرض ، وما إلى ذلك ، ترتبط جميع إشارات الجينوم هذه ارتباطًا وثيقًا بمواقع RLFS [ Wongsurawat et al.، NAR، 2012 Jenjaroenpun et al.، NAR، 20،015، Ginno et al.، Genome Res.، 2013، Sanz et al.، Molecular Cell، 2016]. قد يجعل تحليل RLFS هذه الدراسة أكثر إثارة للاهتمام وجديدة وذات أهمية بيولوجية.

رد المؤلف: هذا اقتراح ممتاز. استخدمنا QmRRFS للعثور على تسلسلات تشكيل حلقة R (RLFS) في المنطقة [ATG-2000 ، ATG + 40] لكل جين [153,154,155,156]. وجدنا أن المنطقة المنبع مباشرة من ATG ، [ATG-200 ، ATG] غنية بشكل كبير بـ RLFS (قيمة p

0.0). ومع ذلك ، فإن دراسة حلقات R ، والتي تعتبر ضرورية لعمليات النسخ ، ليست جزءًا من الدراسة الحالية التي تركز على مناطق التشفير ، وستكون جزءًا من الدراسة التالية. أيضًا ، لا يحتوي جينوم نخيل الزيت حاليًا على مجموعة من متواليات (كدنا) كاملة الطول. بمجرد أن نكون قادرين على التنبؤ بنخيل الزيت TSS بدقة ، سنقوم بتحليل انحرافات CG وحلقات R وميزات أخرى. سيتم تقديم هذه التحليلات في مخطوطة منفصلة بمجرد اكتمال التحليل.

11) ص. 11 يُظهر تحليل علم الوجود الجيني أن العديد من الجينات الغنية بالـ GC3 مرتبطة بالإجهاد ، في حين أن العديد من الجينات الفقيرة GC3 لها وظائف التدبير المنزلي (انظر شرح GO في الملف الإضافي 2: الجدول S2). ومع ذلك ، يوضح الجدول 2 نتائج أكثر تنوعًا (ومثيرة للاهتمام بالفعل) ، مما يشير أيضًا إلى ضعف بيان المؤلفين. في الواقع ، قم بفرز فئات GO في الملف الإضافي 2: الجدول S2 حسب الدرجة S = (CG3-rich -CG3-poor) / (CG3-rich + CG-poor) عند أصغر قيمة حدية للنتيجة تساوي | 0.2 | ، لاحظنا أن أقوى 10 مصطلحات (ارتباط الأكسجين ، نشاط الجزيء الهيكلي ، عملية التمثيل الغذائي الثانوية ، الترجمة ، عامل نسخ ارتباط الحمض النووي الخاص بالتسلسل ، الاستجابة للتحفيز اللاأحيائي ، نمو الخلايا ، الاستجابة للتحفيز الداخلي (المصطلح الأخير المصنف)) تتبع الشرط S & gt 0.2 (CG3-rich). علاوة على ذلك ، فإن مصطلحات GO 17 (تنظيم التعبير الجيني والنشاط اللاجيني ، والنشاط الحركي ، وربط الحمض النووي الريبي ، وربط النوكليوتيدات ، ونشاط نوكلياز ، وربط الدهون ، ونشاط كيناز ، وربط الحمض النووي ، وربط الكروماتين ، ونشاط عامل الترجمة ، وربط الحمض النووي ، ونشاط محول الإشارة ، عملية التمثيل الغذائي للبروتين ، عملية تقويضية ، نشاط الهيدرولاز ، تطور الجنين ، دورة الخلية ، الاستجابة للتحفيز خارج الخلية (آخر مصطلح مصنّف)) تتبع الحالة S & lt −0.2 (CG3-فقير). أقترح إجراء تحليل وتفسير ومناقشة أكثر توازناً واكتمالاً لتحليل بيانات تخصيب GO.

رد المؤلف: لقد حسبنا إحصائيات الإثراء: (# GC3-rich- # GC3-فقير) / إجمالي عدد الجينات ، (# GC3-rich- # GC3-فقير) / (# GC3 غني + # GC3-فقير) ، وحساب أيضًا إحصائيات مربع كاي. يتم عرض النتائج في جدول تخصيب GO بتنسيق ملف إضافي 1 .

12) ملف إضافي 2: الجدول S8 هل يمكنك شرح ومناقشة الاختلافات الملحوظة بين الجينات التي لا تحتوي على intronless (PI) في الجينات الغنية بالـ GC3 التي تنتمي إلى نفس فرع GO "النمو" (PI = 19٪) ، "نمو الخلية" ( PI = 13٪) ، "دورات الخلية" (PI = 6) الجدول 8)؟ كم عدد جينات "دورة الخلية" المضمنة في فئتي "النمو" و "نمو الخلية"؟ كم عدد جينات دورة الخلية الفريدة؟

رد المؤلف: لا توجد جينات تنتمي إلى الفئات الثلاث ("النمو" و "نمو الخلية" و "دورة الخلية"). ومع ذلك ، هناك جينات في تقاطع فئتين. فيما يلي عدد الجينات المشروحة التي تندرج في الفئات الثلاث:


شاهد الفيديو: biology-chapter 5 part 1 (يونيو 2022).


تعليقات:

  1. Nikosho

    برافو ما هي الكلمات الصحيحة .. فكرة عظيمة

  2. Travion

    وأنا على الأرجح vazma. تأتي في متناول اليدين

  3. Guzilkree

    إيه هذه الأزمة تفسد كل شيء بالنسبة لنا

  4. Voshura

    معا. وقد صادفت مع هذا.

  5. Wittatun

    ما هي الكلمات ... فكرة رائعة ، رائعة

  6. Griffith

    لا ، مقابل.

  7. Khalfani

    أنت ترتكب خطأ. يمكنني إثبات ذلك. أرسل لي بريدًا إلكترونيًا إلى PM ، سنتحدث.



اكتب رسالة